En 1996, con el apoyo del propietario de Adidas, Robert Louis-Dreyfus, el Marsella volvió a la máxima categoría. En 1999, el Marsella avanzó a la final de la Copa de la UEFA, perdiendo 0-3 ante el Parma. En 2004, Marsella volvió a alcanzar la final de la Copa de la UEFA, eliminando en el camino a Liverpool, Inter de Milán y Newcastle United. El jugador principal, Didier Drogba, tuvo un buen desempeño, pero perdió 0-2 en la final ante el campeón de la liga, el Valencia, y volvió a perderse el campeonato. Didier Drogba se mudó al Chelsea por £24,5 millones.
En el verano de 2005, Marsella ganó la Copa Internacional Toto, derrotando al club español Deportivo La Coruña por 5-3 en las dos últimas rondas, y luego se ganó el derecho a participar en la Copa de la UEFA. Pero esto ha afectado el desempeño del Marsella en la Ligue 1. Su fuerza y rendimiento están por detrás de Lyon, Mónaco y Paris Saint-Germain, y sus posibilidades de ganar el campeonato son cada vez más escasas. Hasta la temporada siguiente, el Marsella tuvo un buen desempeño al comienzo de la temporada, incluso acercándose al Lyon en la clasificación, y finalmente terminó segundo en la liga y regresó con éxito a la Liga de Campeones de Europa 2007/08.
65438+El 20 de octubre de 2006, el exjugador del Marsella Jean-Jacques Edley reveló que antes de la final de la Copa de Europa en Munich, los jugadores del Marsella fueron inyectados colectivamente con drogas desconocidas, y solo el delantero alemán Rudy Voller rechazó la inyección. .
El Marsella ganó la Copa de la Liga francesa en la temporada 2009/10, convirtiéndose en el primer gran torneo del club en 17 años. En la semana 36 de la misma temporada, el Marsella derrotó al Rennes por 3-1, mientras que Ozer, que ocupaba el segundo lugar de la liga, perdió ante el Lyon, dejando a Ozer con 5 puntos en la liga restante, y una vez más aspiró a ganar la Ligue 1. título después de los 18.