En más de 200 años de historia, participó en la Guerra de Crimea y en la Primera Guerra Mundial. Durante la Gran Guerra Patria, participó en la defensa de Sebastopol y Odessa, y gradualmente se convirtió en una de las cuatro principales flotas de la ex Unión Soviética.
Durante la Guerra Fría, la misión estratégica de la Flota del Mar Negro era controlar el Estrecho de Turquía y salir del Mediterráneo para enfrentarse a la Sexta Flota de la Armada de los Estados Unidos. Destruir las rutas petroleras europeas y las líneas marítimas de comunicación desde Estados Unidos a Asia; cruzar el Estrecho de Gibraltar, entrar al Atlántico por el flanco sur y rodear Europa;
Cuando la antigua Unión Soviética colapsó, la Flota del Mar Negro tenía 833 barcos grandes y pequeños, incluidos 45 grandes buques de superficie, 28 submarinos, más de 150 aviones, 85 helicópteros a bordo de barcos y una gran cantidad de buques costeros. Equipos de defensa y defensa aérea, con una dotación total de unos 80.000.
La Flota del Mar Negro es la única flota todoterreno de la antigua Armada soviética que no teme al asedio por hielo. Su base principal y cuartel general de la flota se encuentran en Sebastopol, Crimea. Cubre un área de 27.000 kilómetros cuadrados y tiene una población de aproximadamente 2,5 millones. La península de Crimea fue anexada a Rusia en 1783. En 1954, el Sóviet Supremo de la antigua Unión Soviética asignó la península a Ucrania para que se uniera a la república. Después del colapso de la Unión Soviética, la Flota del Mar Negro se convirtió en el principal objetivo de Rusia y Ucrania.
Debido a que se desconoce su identidad, la Flota del Mar Negro todavía enarbola la bandera de la antigua Armada soviética. En agosto de 1992, Rusia y Ucrania llegaron a un acuerdo en Yalta para transformar la Flota del Mar Negro en una flota conjunta ruso-ucraniana, comandada conjuntamente por los dos países. En junio de 1995, los dos países decidieron oficialmente dividir sus flotas en dos. Dado que la mayoría de los barcos de la flota están en mal estado, Ucrania sólo recibió el 18,3% de los barcos y el resto se vendió a Rusia con descuento. El escuadrón logró avances, pero las dos partes tenían serias diferencias sobre la cuestión del arrendamiento de la base de Sebastopol. Rusia solicitó un arrendamiento a largo plazo y el uso exclusivo de la base para reorganizar la Flota rusa del Mar Negro, pero Ucrania se negó.
Rusia está construyendo actualmente una base naval en Novorossiysk, en la costa del Mar Negro.