La Fosa de Manila es causada por la zona de subducción, donde la Placa Euroasiática se hunde debajo de la Zona Activa de Filipinas.
Se han producido muchos terremotos alrededor de la Fosa de Manila y el movimiento de placas ha levantado volcanes en el arco volcánico en el lado oeste de Luzón, Filipinas, incluido el Monte Pinatubo.
La Placa de la Sonda en el continente euroasiático está sumergida bajo el arco de la isla volcánica de Luzón, creando una fosa casi de norte a sur. Esta trinchera se extiende desde la zona de colisión de Taiwán en el norte hasta el terreno de Mindoro en el sur. Esta región tiene anomalías de gravedad negativa.
Se cree que Manila absorbió gran parte de la energía entre la zona de colisión de Filipinas y la placa continental euroasiática.