En el año 43 del reinado Jiajing de la dinastía Ming, la Puerta You'an se construyó en el suroeste de Beijing con el auspicioso significado de "estabilidad y tranquilidad" para proteger la salud de la ciudad. En los primeros días de la fundación de la República Popular China, el alcalde Peng Zhen inspeccionó You'anmen y planeó construir el Segundo Hospital de Enfermedades Infecciosas de Beijing. Su escala de construcción y entorno disciplinario son los primeros en Asia. En 1989, pasó a llamarse Hospital You'an de Beijing. En 2003, se convirtió en miembro del Hospital You'an de Beijing afiliado a Capital Medical University, miembro de la Novena Facultad Clínica de Capital Medical University y director del Departamento de Enfermedades Infecciosas de Capital Medical University. Instituto de Enfermedades Hepáticas de Beijing, Instituto de Enfermedades Infecciosas de la Medicina Tradicional China y Occidental Integrada de Beijing, Colegio Nacional Clave de Enfermedades Hepáticas de la Medicina Tradicional China y Occidental Integrada, Laboratorio Clave de Medicina Traslacional de Beijing para la Hepatitis B y el Cáncer de Hígado, Laboratorio Clave de Beijing de SIDA, Datos clínicos de Beijing sobre enfermedades principales Se establecieron sucesivamente la base de datos, el Instituto Nacional de Ensayos Clínicos de Medicamentos, el Instituto Clínico de Enfermedades Hepáticas y Cáncer de Hígado de la Universidad Médica Capital y la Base de Medicina Traslacional de Enfermedades Infecciosas de Cooperación Internacional en Ciencia y Tecnología de Beijing. El hospital ha fundado conjuntamente con la Universidad de Washington en Estados Unidos, la Universidad de Oxford en el Reino Unido y la Universidad de Calgary en Canadá: el Centro de Colaboración de Investigación Clínica Chino-Estadounidense para Enfermedades Infecciosas y Enfermedades Crónicas Relacionadas, el Base Conjunta de Investigación Clínica Sino-Británica para Enfermedades Infecciosas, el Instituto Conjunto Sino-Canadiense de Enfermedades Hepáticas y otras instituciones de investigación clínica. También sirve como Base Nacional de Capacitación para Especialistas en Enfermedades Infecciosas del Ministerio de Salud y Base de Tratamiento de Medicina Tradicional China; de Enfermedades Infecciosas y SIDA de la Administración Estatal de Medicina Tradicional China.
Con el rápido desarrollo de la ciencia y la tecnología médicas, la transformación de los modelos médicos y la reforma del sistema de servicios médicos y de salud, los hospitales se han vuelto cada vez más importantes en el diagnóstico y tratamiento de enfermedades infecciosas agudas, la respuesta a emergencias de salud pública, investigación científica, enseñanza y gestión, etc. Se han logrado grandes avances en este sentido, lo que demuestra los brillantes logros de la prevención y el control de enfermedades infecciosas en la Nueva China.
En los últimos 30 años, ante los enormes desafíos que plantea el envejecimiento de la población, las enfermedades infecciosas crónicas y las crecientes necesidades médicas, el hospital ha reajustado y planificado su dirección de desarrollo a medio y largo plazo y posicionamiento estratégico.