En la antigüedad, Taiwán estaba conectada al continente. Posteriormente, debido al movimiento de la corteza terrestre, las partes conectadas se hundieron en el mar, formando un estrecho y apareció la isla de Taiwán.
La historia registrada de Taiwán se remonta al año 230 d.C. En ese momento, Sun Quan, rey de Wu de los Tres Reinos, envió 10.000 oficiales y soldados a "Yizhou" (ahora Taiwán).
Durante las dinastías Sui y Tang (589-618 d.C.), Taiwán se llamaba "Liuqiu". La dinastía Sui visitó Taiwán tres veces. Según los registros históricos, en 610 (el sexto año de la dinastía Sui), el pueblo Han comenzó a emigrar al área de Penghu.
Durante las dinastías Song y Yuan (960-1368 d. C.), había un número considerable de personas Han en el área de Penghu. A mediados del siglo XII d.C., la dinastía Song colocó a Penghu bajo la jurisdicción del condado de Jinjiang, Quanzhou, Fujian, y envió tropas para protegerlo. La dinastía Yuan también envió tropas a Taiwán.
Los gobiernos de las dinastías Yuan y Ming establecieron departamentos de inspección en Penghu, responsables de patrullar, detectar delincuentes y también impartir clases de sal. El nombre Taiwán comenzó a aparecer a finales de la dinastía Ming.
En el siglo XVI, potencias coloniales como España y los Países Bajos invadieron y ocuparon Taiwán.
En febrero de 1662, Zheng Chenggong recuperó el territorio chino de Taiwán de manos de los colonos holandeses.
En 1683, las tropas Qing entraron en Taiwán, lo que obligó al régimen de Zheng a colapsar y someterse al gobierno Qing.
A mediados del siglo XIX, la dinastía Qing era débil y las potencias occidentales volvieron a poner un pie en Taiwán.
En 1894, Japón lanzó la Guerra Sino-Japonesa de 1894. El gobierno Qing fue derrotado al año siguiente y se vio obligado a firmar el Tratado de Shimonoseki el 17 de abril, cediendo Taiwán a Japón.
En agosto de 1945, Japón fue derrotado en la Segunda Guerra Mundial y Taiwán y Penghu regresaron a la soberanía de China.
En 1949, la camarilla de Chiang Kai-shek llevó a parte del personal militar y político del Kuomintang a retirarse a Taiwán.