Ambos están bien.
どこですか-can puede entenderse como el lugar donde se encuentra alguien (estación). (Esta oración termina con un sustantivo)
どこにぃますか-puede entenderse como el lugar donde alguien está parado. (Esta oración termina con un verbo)
Recientemente aprendí japonés por mi cuenta. Cuando les pregunto a otros dónde están ahora, además de usar "どこです".
Los primeros son correctos.