Cuenta con dos carreras de pregrado: Historia y Arqueología, y 7 programas de doctorado en Historia Moderna de China, Historia Antigua de China, Historia Mundial, Historia Especializada, Historia de Relaciones Internacionales, Estudios de Fronteras y Arqueología y museología; historia especial, historia antigua de China, historia moderna de China, historia mundial, relaciones internacionales y etnología.
Según la clasificación de departamentos nacionales de 2009, el Departamento de Historia de la Universidad de Nanjing se encuentra entre los cinco primeros del país.