La Universidad de Tsukuba es una de las universidades más antiguas de Japón. Su predecesora se remonta a la Escuela Normal de Tokio, fundada en 1872. En 1949, se implementó un nuevo sistema académico y se cambió el nombre a Universidad de Educación de Tokio. En septiembre de 1967, el Gabinete japonés aprobó la reubicación de 36 instituciones, incluida la Universidad de Educación de Tokio, en el área de Tsukuba. En mayo de 1972, el Gabinete japonés decidió trasladar 42 instituciones, incluida la Nueva Universidad Tsukuba (nombre provisional), a Tsukuba Research Academy City como instituciones educativas y de investigación. En octubre de 1973 se creó la Universidad de Tsukuba. El 1 de abril de 2004 se estableció la Universidad Nacional de Tsukuba.
En febrero de 2015, la Universidad de Tsukuba cubre un área de aproximadamente 258 hectáreas y es una de las universidades más grandes de Japón. Hay 9 grupos académicos, 54 carreras y 3 profesores han ganado premios Nobel.