Fundada el 3 de julio de 1898, durante el Movimiento de Reforma de 1898, fue la primera universidad integral de China fundada por el gobierno central (el predecesor de la Universidad de Pekín). La Universidad Shi Jing era la institución de educación superior más importante del país en ese momento, y también era la agencia administrativa educativa más importante del país en ese momento. Ejercía funciones de gestión y gobernaba la educación nacional.
El 3 de julio de 1898, el emperador Guangxu de la dinastía Qing ordenó oficialmente el establecimiento del Salón Universitario Shi Jing. Los sitios escolares originales estaban ubicados en Jingshan East Street en Beijing (anteriormente Ma Temple) y el Edificio Rojo en Shanghai (al noreste de la Ciudad Prohibida) (ahora No. 29 Wusi Street, Beijing). La Universidad Shi Jing fue fundada bajo los auspicios de Sun Jia Nai, y el misionero estadounidense Ding Haoliang fue el principal profesor de Estudios Occidentales. El Estatuto de la Universidad Shi Jing fue formulado por Liang Qichao con la aprobación del Emperador Guangxu de la Dinastía Qing, y se considera el primer estatuto universitario en China. La carta propone la política escolar de "tomar el aprendizaje chino como el cuerpo y el aprendizaje occidental como la aplicación". Cree que "los dos son mutuamente dependientes e indispensables. Sólo cuando no estás preparado se pueden lograr grandes cosas". Destaca que el núcleo de la universidad es cultivar talentos y ""Cultivar talentos extraordinarios para el futuro" es el propósito de establecer el University Hall.
Ese mismo año, se completó el edificio de la biblioteca del salón de la Universidad Shi Jing, que fue una de las primeras bibliotecas nuevas modernas de China. En 1900, el Salón de la Universidad Shi Jing fue atacado por primera vez por los Boxers y luego ocupado como cuartel por las fuerzas invasoras alemanas y rusas de las Fuerzas Aliadas de las Ocho Potencias. Los edificios escolares, los libros y el equipo sufrieron graves daños y el University Hall se vio obligado a cerrar durante dos años. En 1902, después de que amainó la guerra, el gobierno Qing ordenó la restauración del Salón de la Universidad Shi Jing. La biblioteca también fue restaurada ese mismo año, y Zhang Baixi, el funcionario y ministro de reparaciones, fue nombrado ministro administrativo. Zhang Baixi primero organizó un curso intensivo, dividido en escuela oficial y escuela normal. Shi Jingwen Tongtang, fundado durante el Movimiento de Occidentalización en 1862, también se incorporó al salón de la universidad.