En el primer año de Qianxing (1022), Renzong, que sólo tenía 12 años, sucedió en el trono y la emperatriz Liu se hizo cargo del gobierno. El primer ministro Ding Wei de la dinastía Song y Cao Yongli de la dinastía Tang querían monopolizar el poder, pero los funcionarios de la corte hablaban mucho y estaban perdidos. Yan Shu propuso "escuchar la política entre bastidores", que fue apoyada por los ministros. Por eso tuvo la idea de persuadir a los médicos para que se volvieran solteros y la sumó a este asunto. Posteriormente, se desempeñó sucesivamente como Ministro de Ritos, Tribunal Oficial, Enviado de Etiqueta Suburbana y Enviado Adjunto. Porque se opuso al ascenso de Zhang Yi a la dinastía Tang y violó la voluntad de la emperatriz viuda Liu. Además, en el Palacio Yuqing, rompió los dientes frontales de sus asistentes en un ataque de ira y fue acusado por el censor. En el segundo año de Li Qing (1042), Yan Shu rindió homenaje al primer ministro y concertó una cita con Tang Xuanzong para ser general. En el segundo año, estudió la historia de Qiu Xingbu con Pingzhang, Pingzhang de Jinzhong Shumen, un soltero del Palacio Jixian y enviado de la dinastía Tang. En el cuarto año del reinado de Li Qing, Sun Fu y Cai Xiang lo acusaron por compilar el epitafio de la concubina Li Chen, y fue degradado a ministro del Ministerio de Industria de Zhiyingzhou. Más tarde, Zhou Chen y Xuzhou fueron llamados Ministros de Ritos. A la edad de 60 años, conoció el ejército de Yongxing (hoy Xi'an, provincia de Shaanxi) a través de Shangshu y Guan Wendian. Después de ser trasladado a la provincia de Henan, su título oficial fue transferido al Ministerio de Guerra. Debido a una enfermedad, Yan Shu solicitó regresar a Beijing para recibir tratamiento médico. Después de recuperarse de la enfermedad, pidió volver a trabajar a Beijing. El emperador lo mantuvo aquí deliberadamente, le pidió que le explicara las Escrituras, le pidió que fuera a verlo cada cinco días y lo trató según las especificaciones de un primer ministro. Un año después, la enfermedad de Yan Shu empeoró y el emperador quiso verlo. Yan Shu inmediatamente envió un mensaje al emperador después de enterarse. La carta decía: "Soy viejo y estoy gravemente enfermo y no puedo hacer nada. No merece la preocupación de Su Majestad. Murió poco después". Aunque el emperador fue a expresar sus condolencias en persona, todavía sintió mucho no poder visitarlo cuando estaba enfermo y no acudió a la corte durante dos días. Se le dieron los títulos oficiales de Yan Shu (uno de los tres duques) y Fuzhong (nombre oficial, gobernador), el título póstumo de "Yuan Xian" y las palabras "Estela de la antigua sabiduría" fueron escritas en el primer sello de la inscripción.
Aunque Yan Shu ha ocupado un puesto importante durante muchos años, es accesible. Nombró personas según sus méritos, y Fan Zhongyan, Kong Daofu y Wang Anshi procedían de sus discípulos. Han Qi, Fu Bi y Ouyang Xiu fueron entrenados y recomendados por él, y todos han sido reutilizados. Han Qi fue reelegido como primer ministro de Renzong, Yingzong y Zongshen; como yerno de Yan Shu, promovió especialmente a los virtuosos y no evitó que Yan Shu se convirtiera en primer ministro. Bi fue el enviado privado adjunto. Más tarde, se convirtió oficialmente en primer ministro.