En el año trigésimo cuarto de Jiajing en la dinastía Ming (1555 d.C.), Qi Jiguang fue trasladado a Zhejiang para pacificar a los piratas japoneses y fue ascendido a unirse al ejército. Cuando Qi Jiguang llegó a Zhejiang, vio que el ejército de Wei Shuo tenía una disciplina laxa y mano de obra insuficiente. La mayoría de los que quedaban eran viejos, débiles, enfermos y discapacitados, sin eficacia en el combate. En Jinhua y Yiwu, que tienen fuertes costumbres populares, reclutó a 3.000 agricultores y mineros y les impartió un riguroso entrenamiento, haciéndoles entender claramente que el deber del ejército es resistir al enemigo, que deben respetar la disciplina, no perturbar el personas y aprender verdaderas artes marciales. De acuerdo con las características del terreno de Jiangnan, Qi Jiguang también creó una táctica única llamada "Formación Pato Mandarín". Se usan juntas varias armas largas y cortas, cada una con sus propias fortalezas y cooperación mutua. Cuando la situación cambia, puede ser flexible. Transformado en la "Formación de los Tres Talentos" y la "Formación de los Tres Talentos" ejerce su poder. De esta manera, organizó un nuevo ejército de élite. Este nuevo ejército se llamó "Ejército de la Familia Qi" y era famoso en todo el mundo por su valentía en el combate y sus repetidos logros extraordinarios.
En el año 40 de Jiaqing (1561 d.C.), los japoneses saquearon Tao Zhu y Qitou. Qi Jiguang llevó a sus tropas a Ninghai para defender a Tao Zhu, los derrotó en la montaña Dalong y los persiguió hasta Yanmen Ridge. Después de que el enemigo huyó, aprovechó la oportunidad para atacar Taizhou. Qi Jiguang inmediatamente lo persiguió, mató a su líder y expulsó a los enemigos restantes al río Gualing, aniquilando a todo su ejército. En este punto, los enemigos de Qitou invadieron Taizhou nuevamente, Qi Jiguang los interceptó en Xianju y todo el ejército fue aniquilado. Qi Jiguang luchó contra el enemigo nueve veces en Zhejiang y siempre tuvo éxito. Más de mil enemigos fueron asesinados o capturados, e innumerables personas fueron quemadas y ahogadas. Al mismo tiempo, el comandante de la compañía Lu Tang y el general Niu Tianxi también atacaron severamente a los piratas japoneses en Ningbo y Wenzhou. Por lo tanto, la invasión japonesa en el este de Zhejiang fue sofocada.
En el año 41 de Jiaqing, el ejército japonés invadió Fujian y ocupó Hengdao como su campamento base. Los oficiales y soldados no se atrevieron a atacar y el punto muerto duró más de un año. El nuevo enemigo acampó en Tianniu y sus líderes estaban estacionados en Xinghua para apoyar al oponente. La guarnición de Fujian tenía prisa y le pidió a Qi Jiguang que dirigiera tropas para limpiarlo. Después de que Qi Jiguang entró en Fujian, atacó por primera vez a los piratas japoneses de Yu Heng. Ordenó a los soldados que cada uno tomara un puñado de pasto, llenaran las trincheras, destruyeran la guarida del enemigo y mataran a más de 2.600 personas. Condujo a sus tropas a Fuqing, derrotó a los enemigos de Tianniu y arrasó su campamento. Los restos del enemigo huyeron a Xinghua, y Qi Jiguang los persiguió toda la noche, perdiendo sesenta batallones seguidos y matando a más de mil personas. Cuando entró en la ciudad de Xinghua al amanecer, el pueblo de Xinghua sabía todo sobre la batalla. Qi Jiguang regresó a Zhejiang y pasó por Fuqing, donde se encontró con los piratas japoneses que desembarcaron en Dongying'ao. Fueron derrotados y más de 200 de ellos decapitados. Junto con Qi Jiguang, fue a Fujian para destruir al enemigo y al comandante de la compañía de Guangdong, Liu Xian, quien también ganó muchas batallas. De esta manera, el flagelo de los piratas japoneses en Fujian básicamente ha disminuido en los últimos años.
Después de que Qi Jiguang regresó a Zhejiang, un gran número de tropas japonesas recién invadidas invadieron Fujian, capturaron la ciudad de Xinghua y ocuparon Pinghaiwei. En abril del año 42 de Jiajing (1563 d. C.), se ordenó a Qi Jiguang que dirigiera las tropas a Fujian y se hiciera cargo del gobierno. Él estaba a la izquierda y Yu a la derecha. Atacó a Pinghaiwei en tres direcciones. El ejército de Qi Jiguang tomó la iniciativa de irrumpir en el campamento enemigo, seguido de cerca por los ejércitos de izquierda y derecha, y aniquiló a 2.200 personas. En febrero del año siguiente, más de 10.000 nuevas tropas japonesas se reunieron para sitiar Xianyou. Qi Jiguang dirigió a las tropas para rescatarlos y hacerlos pedazos. Después de eso, aunque todavía había un pequeño número de invasores japoneses, fueron rápidamente sofocados.
En el año cuarenta y tres de Jiaqing, había 20.000 piratas japoneses en Chaozhou, formando un rincón con el bandido Wuping. Los ladrones Lan, Wu Duan y otros saquearon sin sentido entre Huizhou y Chaozhou. En Fujian, Cheng Shaolu lanzó una rebelión en Yanping y Liang Daohui asaltó Tingzhou. En ese momento, Yu, el jefe militar de Fujian, fue trasladado a Guangdong para eliminar al enemigo. Yu confió en su fama para ganarse a toda esta gente. Una vez entró solo en el campamento de Cheng Shaolu y el gobernador les pidió a Cheng Shaolu y Liang Daohui que fueran juntos. Al atacar al enemigo, también obtuvo la victoria una y otra vez. Primero, sitiaron Zotang, quemaron hasta morir y decapitaron a más de 400 personas, y luego fueron derrotados en Haifeng. Los piratas japoneses robaron el barco pesquero e intentaron escapar a través del mar. Con vientos fuertes se hundieron mucho. Wu Ping se rindió una vez, pero luego se rebeló y continuó saqueando varios lugares a lo largo de la costa. En ese momento, Qi Jiguang, el comandante de la compañía en Fujian, atacó a Wuping, y Wuping huyó a Nan'ao. En el otoño del año 44 de Jiaqing, invadió Fujian. Yu dirigió la marina y Qi Jiguang dirigió el ejército para atacar Nan'ao y derrotar a Wuping. Wu Ping huyó solo a la montaña Fenghuang en Raoping, robó barcos civiles y huyó al mar. A partir de entonces, nunca más se atrevió a cometer un delito nuevamente. Yu también dirigió al ejército patriótico y a los civiles para eliminar a los enemigos en Guangdong. En este punto, los piratas de la costa fueron sofocados.