Desde junio de 1934 hasta julio de 1945, Wang Xinggong sirvió oficialmente como presidente de la Universidad de Wuhan durante 11 años, sólo superado por Li Da (14). Trabajó en la Universidad de Wuhan, estuvo a cargo de los asuntos escolares durante 17 años y fue contratado por la Universidad Nacional de Wuhan. Durante su trabajo a largo plazo, Wang Xinggong formó gradualmente sus propias ideas escolares y propuso: "La misión de la universidad es dar ejemplo a la gente en términos de moralidad, explorar teorías avanzadas en términos de conocimiento y estudiar las causas". que promueven el progreso social en términos de habilidades". Con sus incansables esfuerzos, la Universidad de Wuhan comenzó la educación de posgrado en 1935, estableció la Facultad de Agricultura en 1936 y se convirtió en una universidad integral con 5 facultades, 15 departamentos y 2 institutos de investigación.
En 1937 estalló la Guerra Antijaponesa. Wang Xinggong hizo preparativos sólidos y oportunos para la reubicación de la universidad, lo que permitió a la Universidad de Wuhan sufrir daños mínimos durante la reubicación. Ante la crisis nacional, Wang Xinggong pronunció muchos discursos, llamando a la resistencia contra Japón e inculcó el espíritu pacifista en la enseñanza enseñando y educando a las personas, con especial énfasis en la educación del carácter durante las guerras y tiempos difíciles.
En 1938, Wang Xinggong dirigió la escuela para trasladarla a Leshan, Sichuan. Se negó al Kuomintang a establecer una división en la escuela, protegió a los estudiantes progresistas y los apoyó en la realización de actividades de propaganda antijaponesa.
Después de que la Universidad de Wuhan se trasladara al oeste, a Leshan, hubo escasez de materiales y fondos. Wang Xinggong hizo todo lo posible para superar muchas dificultades e insistió en el desarrollo normal de la enseñanza y la investigación científica, para que la Universidad de Wuhan pudiera continuar y desarrollarse. Independientemente de su enfermedad, viajó a la retaguardia de la Guerra Antijaponesa y reclutó a eruditos y celebridades. Independientemente de su origen o facción, era ecléctico y, a menudo, lo invitaban personalmente, contratando así a muchos profesores destacados y logrando logros académicos destacados.
Heredó la tradición ecléctica y meritocrática de Cai Yuanpei, nombrando a Zhou Yusheng como rector (Zhu Guangqian fue reemplazado debido a desacuerdos políticos), a Zhao Shimei como decano, a Ye Shengtao, a Zhong Fang, a Zhang Zhenru, a Yang Duanliu, a Tao. Un gran número de profesores y eruditos de renombre como Yin Yin, Shi Shenghan y Hu Yue vinieron a dar conferencias en varios departamentos. También se invitó a conocidos demócratas patrióticos como Guo Moruo y Huang Yanpei a dar conferencias y comentar sobre la situación actual. Después de que la Universidad de Wuhan se convirtiera en una de las "Cinco universidades famosas de la República de China" en la década de 1930, volvió a ser conocida como las "Cuatro universidades famosas" junto con la Universidad Nacional Asociada del Suroeste, la Universidad Central y la Universidad de Zhejiang. Reconocido por el famoso historiador de la ciencia y Dr. Joseph Needham de la Universidad de Cambridge en el Reino Unido. Wang Xinggong fue el primero en tomar la iniciativa en la gloria del "Período Leshan" de la Universidad de Wuhan.
Durante 1947, muchos estudiantes de la Universidad Sun Yat-sen fueron arrestados durante manifestaciones anti-Chiang contra la guerra civil, el hambre y la persecución. Discutió repetidamente con las autoridades militares y políticas de Guangzhou, exigiendo la liberación de los estudiantes patrióticos y progresistas arrestados. Después de ser rechazado, Wang Xinggong abandonó la escuela enojado.