En el primer año, de sospecha a conocida, Scully fue enviada al equipo de investigación de Expediente X para ayudar a Mulder. Por supuesto, fue enviada para monitorearlo, y Mulder lo sabía. Sin embargo, se conocen desde entonces y se convierten en socios. La relación entre los dos se profundizó a medida que se profundizó su cooperación. Más tarde, Mulder fue secuestrado y Scully robó un embrión alienígena a cambio de él. Comenzaron un emocionante rescate mutuo que duró nueve años. Al final de la primera temporada, Expediente X se cerró y Mulder y Scully fueron separados deliberadamente. Al año siguiente, Mulder se enamoró de otra persona. Durante esta temporada, Scully fue secuestrada constantemente por diferentes personas, incluidos extraterrestres, adoradores de la muerte en forma de demonios, cazarrecompensas extraterrestres e incluso caníbales; los extraterrestres la utilizaron de manera muy lamentable. para experimentos, y luego casi fue decapitada por caníbales y se convirtió en comida de otra persona. Quizás debido a la diferente duración del secuestro, Mulder tuvo algo de tiempo libre además de rescatarla, por lo que se enamoró en "Trinity" y tuvo relaciones sexuales que eran raras en todo "Expediente X". El tercer año aún no ha sido convocado. La temporada comienza con Scully suspendida y Mulder dado por muerto. Scully y Mulder luego van y vienen entre los hombres de Smoking Man y Skylar, y Scully descubre el implante en la parte posterior de su cuello y se lo quita. Más tarde, la hermana de Scully murió accidentalmente. Por supuesto, originalmente querían matar a Scully. Cuarto año: Compartiendo secretos sobre el cáncer Durante este año, la relación de Mulder y Scully cambió. Incluso intercambiaron sus historias genéticas familiares. Desafortunadamente, no sabían que Scully era infértil en ese momento. Lo que es más importante es que Scully tenía cáncer. Ella le dijo a Mulder pero no a su madre. Esto hizo que Scully pensara profundamente como nunca antes y también hizo que Mulder sintiera profundamente la relación entre los dos. Mulder sintió su matrimonio anterior en "La vida antes y después". Se puede decir que tanto Mulder como Scully mostraron un lado emocional sin precedentes en el drama de esta temporada. Año 5 *** Una noche conmovedora Scully mintió a la policía, a Skyler y al director del FBI, diciéndoles que Mulder estaba "muerto". Se diagnosticó que el cáncer de Scully se había extendido y ella permaneció en el hospital hasta morir. Mulder, por supuesto, todavía estaba vivo, y más tarde Mulder encontró un chip y lo insertó en la parte posterior del cuello de Scully, y su cáncer retrocedió. El renacimiento de los dos después del desastre fue muy conmovedor y conmovedor. En la jungla salvaje de Florida, Scully dejó que Mulder, herido, se tumbara en su regazo durante la noche. Pero luego ambos tuvieron terribles reveses. Scully descubrió que tenía una hija biológica que no era la suya, pero al final su hija murió. ¿Y Mulder se convirtió en un agente encubierto y luego se volvió loco? Desde entonces, las oficinas de Expediente X han sido incendiadas. Año 6: Mulder hace una confesión audaz. Mulder y Scully pierden Expediente X nuevamente, y los agentes Spender y Fowley se hacen cargo de Expediente X. Pero la relación entre los dos hizo progresos prácticos. Primero, Mulder besó a Scully, pero no fue ella. "Scully" le dio a Mulder un gancho de derecha. Más tarde, Mulder le dice a la verdadera Scully que la ama y ella dice "¡Oh, hombre!" y se aleja; luego los dos tienen que compartir una habitación de motel, ¡pero no podemos ver el interior! También tienen una escena juntos en la ducha en "Padres e hijos". Mulder mira a Scully y debería poder verlo todo. Después volvieron a tener Expediente X. En el séptimo año, Scully estaba embarazada. Muchas cosas inexplicables sucedieron durante este año, como: Scully fue atacada por alguien que sabía que estaba muerta y Mulder también fue atacado por varias personas que sabía que estaba muerta. Entonces la supuestamente infértil Scully queda embarazada: ¿de quién es el hijo? ? Mulder besó a Scully en la víspera de Año Nuevo, es cierto, pero ella no parecía emocionada en absoluto. Más tarde, la madre de Mulder se suicidó y él también encontró a su hermana, pero ella ya estaba muerta. Casi muere por inhalar un pulmón lleno de escarabajos del tabaco, y luego fue abducido por extraterrestres... Bueno, eso es un poco molesto, ¿no? Ah, y Scully es ciega, pero ¿eso es falso otra vez? El año 8 con el bebé como Mulder es aburrido, porque no hay Mulder, ni Skylar, ni Gunslinger, y solo un poco de Son Scully.
Scully finalmente admitió la existencia de extraterrestres, pero su conciencia avanzada y sus extrañas teorías sobrenaturales disgustaron a la policía local y Skyler la consoló en ese momento. Mulder fue encontrado muerto más tarde, pero luego se descubrió que estaba vivo. Cuando nació el bebé de Scully, ella lo llamó William, en honor al padre de Mulder. Scully y Mulder luego se besan apasionadamente para convencernos de que Mulder es efectivamente el padre del bebé. Año 9: Intercambio de cartas de amor electrónicas Mulder abandonó a Scully y a su hijo William, y más tarde se descubrió que el bebé de Scully tenía la capacidad de teletransportar objetos. Scully y Mulder se comunicaron a través de cartas de amor electrónicas que eran tan dulces que eran tan dulces. Scully también le pidió a alguien que encontrara a Mulder, pero inexplicablemente luego le dio el bebé a otra persona para que lo criara. En este último episodio vimos muchas escenas de Mulder y Scully besándose y abrazándose.