Para el dolor perineal masculino hay que distinguir diferentes causas para su tratamiento, que suele consistir en tratar la enfermedad primaria y el tratamiento sintomático. La causa más común es la prostatitis. Para la prostatitis causada por infección bacteriana, infección por clamidia y infección por micoplasma, generalmente se usa tratamiento antibacteriano, como levofloxacino oral, ciprofloxacino, cefdinir, azitromicina, etc. En base a esto, si el dolor es intenso, se pueden utilizar supositorios de indometacina, ibuprofeno, lofencodeína, etc. como tratamiento analgésico.
Si se trata de prostatitis crónica estéril, se pueden utilizar bloqueadores de los receptores α, como tamsulosina, doxazosina, silodosina, etc., para aliviar la tensión del cuello de la vejiga y de la zona prostática. En base a esto, también se puede utilizar un tratamiento analgésico. Si el dolor perineal es causado por un tumor, como el cáncer de próstata o el cáncer de vejiga, se debe tratar el tumor primario. Para el dolor perineal causado por cálculos, generalmente se utiliza la terapia de expulsión de cálculos, la terapia de litotricia o la cirugía para extraer los cálculos y lograr un alivio completo del dolor.