El principio básico es tratar el ADN genómico con bisulfito de sodio, y la citosina no metilada se convierte en uracilo, mientras que la citosina metilada permanece sin cambios. Por lo tanto, teóricamente, mediante el uso de diferentes cebadores para la PCR, esta diferencia se puede detectar para determinar si el gen tiene metilación de la isla CpG. De acuerdo con los cambios en el gen objetivo antes y después de la modificación, los cebadores M y U se pueden diseñar en consecuencia. A veces necesitamos diseñar dos rondas de cebadores. Los productos amplificados se sometieron a electroforesis en gel de agarosa de ADN y los resultados del análisis se observaron mediante escaneo en gel.
Este método es muy sensible y no requiere instrumentos especiales, por lo que es económico y práctico. Es el método de detección más utilizado actualmente. Sin embargo, existen ciertas limitaciones. La secuencia de ADN del fragmento que se va a analizar debe conocerse de antemano y el diseño de los cebadores es muy importante. Además, el tratamiento con bisulfito también es muy crítico. Si el tratamiento es incompleto, puede dar lugar a falsos positivos.