Algunos estados cobran tasas de matrícula a los estudiantes que cursan una segunda carrera (Zweitstudium) o estudios de larga duración (Langzeitstudium). Ciertos programas de maestría también pueden cobrar tarifas, algunas de las cuales superan los 10.000 €/semestre. Además, algunas universidades privadas alemanas también cobran tasas de matrícula relativamente elevadas.
En Alemania, el nivel de las tasas de matrícula no indica la calidad de la enseñanza. Incluso para las especialidades gratuitas, la calidad es muy buena.