De junio de 1997 a julio de 1997, jugó en el Tianjin Lokomotiv y ganó el subcampeonato de la Liga Nacional Juvenil "Flying Pigeon Cup".
Desde agosto de 1998 hasta septiembre de 1998, jugó en el Tianjin Lokomotiv y consiguió el subcampeonato de la Liga Nacional Olímpica.
Desde septiembre de 1999 hasta octubre de 1999, estuvo en el equipo de los Juegos de la ciudad de Xi'an y ganó el cuarto lugar en los Juegos de la ciudad. De marzo de 1999 a diciembre de 1999, jugó en el equipo juvenil chino y ganó el segundo lugar en la competición de fútbol "China-Japón-Corea" celebrada en Japón.
De noviembre de 1999 a 2004, jugó para el equipo Qingdao Yizhong Hainiu y obtuvo el puesto 11 en la A-League de 2000.
En 2002, Yang Jun apareció en la primera ronda de la Copa de la Asociación de Fútbol de China, reemplazando la posición principal de Zhu Huiqian, y finalmente ganó el campeonato de la Copa de la Asociación de Fútbol.
En 2005, se trasladó a Changchun Yatai.
En 2006, fue cedido al Beijing Guoan.
Transferido a Tianjin TEDA en 2007.
En 2009, debido a que participó en la huelga de entrenamiento del equipo, Tianjin TEDA lo incluyó en la lista después de la temporada y no fue retenido. El 4 de junio de 2009 debutó con la selección china en el partido contra Arabia Saudita en el estadio TEDA de Tianjin. Al final, el equipo saudí derrotó al equipo chino por 4:1. Yang Jun, sin embargo, apenas pudo encontrar su forma.
Transferencia libre al Guangzhou Evergrande en 2010
En mayo de 2011, el portero principal Li Shuai sufrió una grave lesión en el hombro, Yang Jun entró como suplente y tuvo un buen desempeño, y desde entonces lo ha hecho. convertirse en el portero principal.
En febrero de 2014, Yang Jun se unió a Shenyang Zhongze.
En marzo de 2015, Yang Jun se unió a Tianjin Songjiang.