Debido a la compleja estructura de la lignina, aún no se ha llegado a una conclusión completa, pero muchos investigadores científicos han llegado a una comprensión completa de su marco estructural básico. En general, se cree que la lignina es un compuesto aromático polifenólico de red tridimensional compuesto por unidades de fenilpropano conectadas a través de enlaces éter y enlaces carbono-carbono, de los cuales los enlaces éter representan aproximadamente el 60,75% y los enlaces de carbono representan aproximadamente el 25,30%. En las plantas, las unidades de fenilpropano se ensamblan primero en tres estructuras básicas: estructura a base de guayaco, estructura de siringilo y estructura de p-hidroxifenilo. La biosíntesis de las tres estructuras básicas en las plantas comienza con la reacción de ciclación aromática de la glucosa para formar ácido shikímico, y luego las tres estructuras básicas de lignina anteriores se sintetizan a partir del ácido shikímico. Finalmente, estas tres estructuras básicas se agregan para formar algunos componentes básicos con mayor peso molecular en la planta.