La Gran Mancha Roja gira en sentido antihorario con un periodo de unos 6 días terrestres, o 14 días de Júpiter. Su diámetro es de 24.000 a 40.000 kilómetros de largo de este a oeste y de 12.000 a 14.000 kilómetros de ancho de norte a sur. Es lo suficientemente grande como para albergar dos o tres Tierras. A principios de 2004, la Gran Mancha Roja tenía la mitad de tamaño verticalmente que hace un siglo, cuando su diámetro era de 40.000 kilómetros. Si continúa reduciéndose al ritmo actual, se volverá circular en 2040, pero es poco probable que esto suceda debido a la distorsión de las corrientes en chorro adyacentes. No se sabe cuánto durará la Gran Mancha Roja o si es el resultado normal de fluctuaciones.
Actualmente, los primeros registros de la Gran Mancha Roja comenzaron después de 1830, estando disponibles imágenes significativas sólo después de 1879. Tras su descubrimiento en los años 17, existen 118 registros en blanco del año 1830. No hay forma de saber si las manchas originales se han disipado y cambiado, si se han desvanecido o si simplemente no saben observar. En comparación con las manchas solares actuales, las manchas solares antiguas tienen un historial de observación más corto y se mueven más lentamente, lo que dificulta juzgar si son iguales.
El 25 de febrero de 1979, cuando la nave espacial Voyager 1 pasó cerca de Júpiter a una distancia de 9,2 millones de kilómetros, transmitió por primera vez a la Tierra imágenes claras de la Gran Mancha Roja. A los 160 kilómetros se puede ver claramente llegar. Hay coloridos patrones de nubes onduladas en el oeste (izquierda), un área activa de la Gran Mancha Roja donde se pueden observar movimientos de nubes muy complejos y variables.