Los impactos negativos de la construcción de represas para almacenar agua: destrucción de ecosistemas, reducción de recursos pesqueros, migración forzada, enfermedades y otros factores también han hecho que la construcción de represas sea muy criticada. En su libro de 1993 "Desert Cadillac", el autor Marc Reisner acusó a la Oficina de Reclamación de los EE.UU. y al Cuerpo de Ingenieros del Ejército de los EE.UU. de "hacer más ecológicos" a Estados Unidos. El resultado en Occidente es la destrucción del entorno ecológico natural y social. Reisner se lamenta: "Es difícil imaginar hasta qué punto dependemos del entorno de vida que nos ha proporcionado la naturaleza". Los expertos pertinentes creen que muchas represas no consideran plenamente una serie de consecuencias, incluidos los costos para la salud humana y el medio ambiente, al tomar decisiones sobre proyectos específicos. Dijo que esto conducirá inevitablemente a proyectos de represas "malos" que ignoran los costosos costos ambientales y de salud humana y que aún se lanzarán a pesar de varias consecuencias previsibles. El bando de las “represas” cree que sin los beneficios económicos y sociales que proporcionan las represas, muchos avances no serían posibles. No es realista ni prudente descartar todas las represas por completo. Robert Tillman, especialista en medio ambiente del Departamento de África del Banco Mundial, cree: "La oposición cometió un grave error. No supieron comprender el problema y distinguir entre los diferentes tipos de represas. Las buenas son mejores que las malas". . Las malas represas son aquellas que retienen aguas poco profundas, sumergen grandes extensiones de tierra o producen menos electricidad. Sólo en los trópicos las represas causan enfermedades como la esquistosomiasis y la malaria. Estos problemas no existen en las regiones templadas. También debemos redefinir qué son las grandes represas. No podemos llamar presa grande a una presa de 10 metros de altura cuando tenemos una presa grande de 190 metros de altura. Después de tomar las medidas adecuadas para desviar las inundaciones, se puede mejorar la condición del área de la presa. No hay duda de que las represas ecológicas en áreas de almacenamiento de agua cambiarán la estructura química, física y biológica de los ecosistemas fluviales. Las represas pueden reducir los niveles de agua de los ríos, alterar el libre flujo de los ríos, impedir el flujo de nutrientes, cambiar la temperatura del agua y el contenido de oxígeno e impedir o prevenir la migración de peces y vida silvestre. Desde diferentes perspectivas, estos cambios pueden ser beneficiosos o perjudiciales. Tomemos como ejemplo el río Colorado en los Estados Unidos. Las 10 represas en el río Colorado han hecho que el agua sea clara y fría, lo que es extremadamente perjudicial para los peces que se han adaptado para sobrevivir en esta masa de agua, como los pececillos de las nieves y los labios de las hojas. Algunas plantas no autóctonas, en particular el tamarisco, un arbusto bajo originario de Eurasia, han invadido las orillas de los ríos. Es bien sabido que las grandes represas como las del río Colorado han provocado una fuerte disminución de las poblaciones de especies de peces anádromos (peces que viven en el océano pero viajan tierra adentro para desovar), incluidos el salmón, el arenque de río, la trucha arco iris y el esturión. . Sin embargo, cabe señalar también que las represas no son las únicas culpables de este fenómeno. La contaminación y la sobrepesca también son culpables. El debate también se centra en los cambios en la calidad del agua de los ríos causados por los embalses creados por las represas. La mayoría de la gente en los países en desarrollo necesita agua potable. Según datos relevantes, actualmente hay alrededor de mil millones de personas en el mundo que no disponen de una fuente de agua potable. Los partidarios creen que esto significa que es necesario construir embalses. Los grandes ríos como el río Mississippi tienen suficiente caudal de agua durante todo el año y pueden utilizarse directamente. Sin embargo, en la mayoría de las grandes ciudades el agua potable todavía se obtiene de embalses situados en las zonas de represas. En un país que a menudo sufre sequías, los embalses son vitales para almacenar agua para comunidades y ciudades. Con el crecimiento de la población y la necesidad de promover el desarrollo agrícola, es muy probable que sea necesario construir nuevos embalses. Pero el mantenimiento de los embalses será un problema: las grandes represas en regiones áridas experimentan una evaporación significativa, lo que a menudo causa mayores problemas ambientales y daña la salud humana. Un problema global es que los embalses atrapan sedimentos cargados de nutrientes, lo que reduce la capacidad de los embalses y acelera la eutrofización (o el agotamiento del oxígeno), promoviendo el crecimiento de plantas y algas y la descomposición bacteriana, agotando aún más el oxígeno y liberando fósforo que acelera el crecimiento de las algas. Los embalses construidos en zonas tropicales y las redes de riego que los abastecen son también caldos de cultivo ideales para mosquitos, caracoles y moscas, que a su vez pueden transmitir malaria, esquistosomiasis y filariasis ciega. La incidencia de la esquistosomiasis casi se ha duplicado desde la década de 1940. La enfermedad a largo plazo puede provocar daño pulmonar, insuficiencia hepática y cáncer de vejiga.
Lori Pottinger, editora de World Rivers Review, una revista publicada por International River Network, dijo: "Los gobiernos de los países en desarrollo tienden a invertir mucho dinero en grandes y costosos proyectos de desarrollo fluvial, como la construcción de represas y sistemas de riego, en lugar de en lugar de gastar dinero en proyectos de baja tecnología, como el suministro comunitario de agua y las instalaciones públicas de saneamiento”.