Episodio 2: La prisión de Sona ha estado escasa de agua desde el último motín, y la autoridad de Lucky (interpretado por Robert Weston) también ha sido cuestionada. Michael se enteró por Billick de que Wesler (Chris Vince) se escondía en las alcantarillas. Michael se apresura y le dice que lo retendrán aquí para sacarlo. Fuera de la prisión, la misteriosa mujer Susan se reunió nuevamente con Lincoln y le pidió que encontrara una manera de sacar a Weisler de la prisión dentro de una semana y que le informara del proceso de fuga en cualquier momento. Finalmente apareció el enamorado Sucre. Se encontró con Billick y lo amenazó con un arma. Finalmente supo que Billick nunca atrapó a Mary Cruz. Por otro lado, varios otros estadounidenses en la prisión también descubrieron la existencia de Weisler. Mahone se enteró del paradero de Weisler por Tracy McGrady, y Billick y Theodore vendieron la información a Lacy. Como resultado, los tres partidos estaban en guerra entre sí en las alcantarillas subterráneas. Los hombres de Michael, Mahone y Lerzy, Weisler finalmente fue capturado por Mahone. Finalmente estalló un motín en la prisión, pero Mike logró abrir el canal de la prisión y salvar la autoridad de Weisler y Lerzy. Siguiendo las pistas de la nota, Lincoln localizó a la novia de Weisler (Villabank Madrid, 1989) y robó a un guía de aves.
En el tercer episodio, Lincoln le dio fotos de Sarah y LJ a Michael, y Michael le pidió a Lincoln que le dijera a Susan que tenía que hablar con Sarah y planeaba que Lincoln rescatara a Sarah y LJ. Michael amenaza a Theodore con "tomar prestado" el teléfono celular de Lacy para poder hablar con Sarah. Lerzy no tenía idea de que Michael y Theodore habían robado el teléfono, pero finalmente descubrió que había sido manipulado. Sarah insinuó la posición de Michael por teléfono. Lincoln se apresuró a encontrarlos, pero al final los secuestradores se llevaron a Sarah y LJ. Mahone, que había estado "sin medicación" durante mucho tiempo, empezó a sentirse cada vez más incómodo. Incluso pidió a un abogado que le consiguiera medicamentos, pero se lo negaron. Wisler, una figura misteriosa, encontró a Mahone y le preguntó por Michael. Luego, Wetzler le contó a Michael lo que sucedió antes de ser encarcelado. Una vez conoció a un naturalista y, desde entonces, la gente le ha pedido a Wetzler que los lleve a los lugares donde fue el naturalista, incluso funcionarios del gobierno. Después de que Lincoln no pudo salvar a Sarah y LJ, Michael, desesperado, comenzó a planificar cuidadosamente un plan de escape y parecía haber descubierto algunas pistas. Mahone no podía esperar para irse y pidió trabajar con Michael. Cuando se negó, amenazó con matar a Wetzler. Billick escuchó esta conversación. Lezi descubrió recientemente que algo andaba mal con las personas que lo rodeaban. Sospechaba que alguien intentaba usurpar su dominio en prisión. Al segundo al mando de la prisión no le agradaba el halagador Theodore y le mostró hostilidad en todas partes. Theodore comenzó a planear un contraataque.
Lincoln no pudo salvar a Sarah y LJ. Regresó a su departamento y se encontró con Sucre, quien había estado con él exigiendo la devolución del dinero desde que decidió dejar Maricruz. Luego recibió una llamada de Susan y encontró una caja ensangrentada...
En el cuarto episodio, Lincoln estaba al borde del colapso. Sin nada en la caja excepto la cabeza de Sarah, Susan era aún más amenazadora. Si hay algo sospechoso, la vida de LJ estará en riesgo. Lincoln se vio obligado a encontrarse con Michael nuevamente, pero no se atrevió a contarle a Michael sobre Sarah. Michael, por otro lado, está empeñado en idear un plan de fuga. Toma prestada la cruz de McGrady y le dice a Mahone que busque un bolígrafo negro, mientras que Lincoln debe buscar ayuda del sepulturero. Michael usó la cruz para crear con éxito la ilusión de un corte de energía y aprovechó la oportunidad para pedir un cambio de celda, lo que también logró. Beric escuchó el plan de Michael y quiso aprovechar la oportunidad para unirse, pero fue rechazado. También quería vender secretos, pero el precio de robar pollo y comer arroz era aún mayor. Fuera de la prisión, Lincoln le informó del plan a Susan y fue a sobornar al sepulturero. Como resultado, el sepulturero rompió su promesa. Al final, Susan dispara al sepulturero para guardar el secreto. Después de enterarse del plan de los hermanos, Sophia se acercó a Lincoln y le pidió actuar juntos, y Sucre se enteró de la muerte de Sila. Finalmente decidió tomar el lugar del sepulturero y participar en el plan de fuga de la prisión. Susan recibió el manual de aves reales de Lincoln y se lo envió a Weisler, con una nota dentro: "¡Se te acaba el tiempo!"
Episodio 5 Cae la noche, Sona Hubo un silencio de muerte. En un rincón oscuro, Michael espiaba lo que sucedía dentro de los altos muros: un ratón se arrastraba por la plaza haciendo ruido. El francotirador hizo un buen trabajo, dejando sólo un cadáver ensangrentado. Michael se estremeció: Parece que el plan de la operación nocturna ha fracasado. El tiempo de jailbreak casi ha terminado. Lincoln se reencuentra con Michael. Michael confiesa su plan para escapar de la prisión durante el día y le pregunta a Sarah nuevamente. Lincoln inventó una mentira, pero Michael parecía sospechoso. Sin embargo, ante la inminente fuga de prisión, los dos tuvieron que dejar de lado los asuntos de sus hijos. Lincoln regresa al hotel, donde la novia de Whistler, Sophia, está ocupada preparándose para la fuga de Michael. Las cosas no salieron tan bien como se esperaba. La identidad de Sucre como sepulturero atrajo la atención de algunas personas misteriosas. Bajo la tentación del dinero, Sucre accedió a entregarles el paquete en la prisión. Para ganarse la confianza de Luciano, "Mochila" soportó insultos y abusos inusuales. Lo que más le duele es que Luciano siempre puede jugar con las mujeres como le plazca, pero sólo puede entender la tortura del deseo. Michael finalmente encontró el punto débil del guardia. Intentó distraer a los guardias utilizando pulsos electromagnéticos generados por aparatos eléctricos para interferir con sus señales de televisión. Cuando todo va según el plan de Michael, sucede lo inesperado. Un guardia descubrió la mira del rifle de francotirador de Michael. Un grupo de guardias irrumpió en la prisión de Sona y preguntó quién estaba usando los binoculares. Michael admitió que los estaba espiando. Un arma inmediatamente tocó la frente de Michael. ¿Cómo podría saber el motivo de la observación de los guardias? De repente, Whistler se puso de pie y gritó que estaba observando aves migratorias con un telescopio y sacó una guía de aves para explicarlo. El guardia lo creyó y confiscó los binoculares. Michael dejó escapar un suspiro ahora. Los planes de escape son cada vez más difíciles. Lincoln y Sofía descubrieron que el camino a través del bosque hacia Sona era intransitable, por lo que tuvieron que cambiar la línea costera, solo para descubrir que podían caminar hasta el borde de Sona. Lo que no sabían era que el plan de fuga de Michael estaba en peligro de verse reducido a la mitad. Sin embargo, el inesperado descubrimiento de Mahone reavivó la esperanza de Michael. En menos de 24 horas comenzará el plan de fuga original... aún se desconoce todo.
Episodio 6 En este punto, Michael está completamente concentrado. Estaba buscando el ángulo correcto. La razón por la que trajo cuatro botellas de agua a esta celda fue porque había mucha luz solar y un ambiente tranquilo. Si sacaba la daga en un cuadrado lleno de dragones y dragones, pronto podría estar en problemas. De hecho, planeaba volver a pedir prestada un arma de metal similar a Santiago, pero gracias a la anciana de la celda, se ahorró muchos problemas. De lo contrario, Santiago y Lucía no aceptarían las muchas peticiones aparentemente irrazonables y ridículas de Michael. Después de un rato, la daga de Michael estaba en el aire y dejó de moverse. Había encontrado el ángulo y todavía se estaba enviando la señal desde la cima de la montaña distante. Michael sostuvo firmemente la daga en su mano izquierda, liberó su mano derecha y la puso entre la daga y el sol. Cubrir, poner, tapar, poner, repetir. Por supuesto el ritmo puede ser rápido o lento, corto, corto, largo, corto, largo, corto, corto, lo que traducido a letras es "L...I...T...S...M... S". Lincoln estuvo en la cima de la montaña y envió señales sin parar durante más de dos horas.
Constantemente ajustaba el ángulo de la pieza de metal contra la luz del sol y, al mismo tiempo, escaneaba la prisión con sus ojos desnudos para ver si había alguna retroalimentación. A pesar de la falta de respuesta de la prisión, Lincoln nunca se rindió. Había estado preparado para no responder durante todo un día. Afortunadamente, finalmente hay una pequeña luz brillante dentro de la prisión. La misma señal se repitió menos de una tercera vez antes de que Lincoln se diera cuenta. Inmediatamente dejó lo que estaba haciendo e interpretó cuidadosamente las señales del otro lado. La otra parte sabrá inmediatamente que Shanteng recibió los comentarios. Lincoln escribió en silencio estas cartas en su mente y, después de repetidas correcciones, confirmó el significado del mensaje. "L, es la señora" Lo que Lincoln tiene que hacer ahora es pronunciar la segunda frase. Por supuesto, el significado debe ser conciso. Las letras "¿Dónde está ella?" pronto se enviarán junto con los doloridos brazos de Lincoln. Pensó que a su hermano le tomaría un tiempo sacar a Mary Cruz de la boca de Berwick, pero Michael respondió de inmediato. La respuesta de Michael fue un poco larga y Lincoln tardó mucho en descifrarla. Al final, la transmisión en vivo grabó todas las letras, rompió una rama, raspó las letras en el suelo y las leyó con atención. Debido a que es muy breve y algunas palabras están abreviadas, tomó algo de tiempo entenderlo.
En el Episodio 7, el duelo es sólo una tapadera. Aunque Michael está triste, su verdadero propósito es utilizar el ruido del duelo para encubrir su intención de escapar de la prisión. Las tres en punto es la hora en que las dos partes acordaron batirse en duelo, pero a esta hora, los dos se escabullirán de la prisión. Quién diría que todo era contraproducente, y aunque un guardia de la prisión finalmente quedó encantado, Sun no les dio suficiente tiempo. Michael y Weisler sólo pudieron regresar a sus celdas temporalmente, sin dejar tiempo para encubrir su fuga. Los dos finalmente se vieron obligados a batirse en duelo, y justo cuando Weisler estaba a punto de asestarle el golpe fatal a Michael, apareció el guardia de la prisión que lo seguía. Utilizando el ejemplo de matar a un prisionero, el guardia de la prisión advirtió a Luci que si no podía disciplinar a los demás, encontraría a alguien que ocupara su lugar. Furioso, Lezzi se llevó a Michael, pero inesperadamente le pidió que continuara con su plan y se lo llevara con él porque su gobierno en prisión estaba amenazado. Fuera de la prisión, una fuga fallida obliga a Lincoln a tomar rehenes, pero él y Sucre hacen todo lo posible para salvar a LJ. Susan llega a la prisión para visitar a un hombre misterioso, que resulta ser Wiesler. Wiesler se toma cuatro días libres adicionales para los dos hermanos, y Michael los ve todos.
En el octavo episodio, Susan prometió darles a los hermanos cuatro días más para planificar una fuga de prisión, pero la organización no fue tan paciente. Aparece el general y le pide a Susan que rescate a Weisler por la fuerza. En cuanto a los dos hermanos y la novia de Weisler, fueron inútiles. Dentro de la prisión, los guardias están reforzando ventanas y puertas con barras de acero, mientras Lucky y Michael continúan planeando un nuevo plan de fuga. Lucky y Michael formaron temporalmente una alianza de intereses, pero cada uno tenía sus propias ideas, sin mencionar a Weisler, que tenía motivos ocultos. Ya sabía que la organización lo rescataría por la fuerza, y solo necesitaba aparecer en la azotea a las 5 en punto. Michael le dijo a Lincoln que estaría en peligro. Lincoln y Sucre, quienes escaparon del tiroteo, le dijeron a Michael que la organización había enviado a un asesino para matarlos. De repente, Michael se dio cuenta de que esto significaba que la organización tenía otras formas de rescatar a Weisler. Corrió a la azotea para evitar que Weisler escapara, pero los dos helicópteros enviados por la organización regresaron en vano. Los guardias de la prisión estaban indignados por la fuga. Creen que todo proviene de Michael y deciden sacarlo de prisión; el destino de Michael una vez más será un misterio.
En el noveno episodio, la prisión de Sona introdujo un nuevo director, y sus políticas prepotentes obligaron a Michael a decir la verdad sobre todo el asunto. Incapaz de creer la extraña historia, el alcaide arrestó a Wisler y enfrentó a Michael. Al final, Wiesler no pudo soportar el castigo y confesó haber participado en la fuga. Fuera de la prisión, mientras Lincoln continúa retorciéndose las manos entre Susan y Michael, Susan aparece y lo lleva a ver a LJ, mostrando cierta amabilidad. Para ganar dinero para mantener a su hijo pequeño, Sucre aceptó una vez más un trabajo de repartidor en la prisión de Sona. No sabía que había una pistola en la caja que envió y que se estaba tramando una conspiración contra el gángster Lezi dentro y fuera de la prisión. Michael logra ponerse en contacto con Lincoln y esta información ayuda al alcaide a capturar a Susan. Susan, Wisler y Michael se enfrentaron. El alcaide finalmente creyó la historia y encontró a alguien que intentara salvar a LJ. Pero las cosas no salieron tan bien. Susan los llevó a una trampa, mató al director y volvió a amenazar a Lincoln con la vida de LJ. La muerte del director trajo a Wisler y Michael de regreso a la prisión, Mahone regresó a su pasado y todo parecía volver al punto de partida.