En la novena jornada, Friburgo 1-2 Bayern, Thomas Müller abrió el marcador en la primera parte y envió un pase raso a Chaudhry en propia meta. Friburgo sólo marcó un gol de consolación en el último minuto.
En la jornada 14, el Hannover 96 perdió 0-3 en casa ante el Bayern de Múnich.
En la jornada 23, el Nuremberg 1-1 Bayern no logró igualar el récord de la Bundesliga de 10 victorias consecutivas en una sola temporada.
En la jornada 25, Colonia - Bayern 1-1, el veterano general Podolski anotó un tiro libre en la primera parte, poniendo fin a la sequía de 1.425 minutos goleadores en la liga.
En la jornada 27, el Frankfurt derrotó al Bayern por 2-1, Alaba pagó su matrícula y el Bayern se desplomó antes del final.
Copa de Alemania
Karelz 1-3 Bayern Munich primera ronda
Liga de Campeones
Fase de Grupos
2009 30 de septiembre de 2009 Bayern Munich 0: 0 Juventus
2009.1 Bordeaux 2:1 Bayern Munich
2009.11.25 Bayern Munich 1:0 Maccabi Haifa
Ocho- finales
Bayern 2-1 Fiorentina en primera ronda
Fiorentina 1-2 Bayern en segunda ronda.