En las referencias de la tesis de graduación, ¿debo utilizar signos de puntuación para puntuar el título? Por ejemplo, "Cómo tratar a siete": enfrentar puntos críticos teóricos

Sí, se debe conservar la puntuación en el título del artículo.

Aunque puede parecer un poco complicado, por razones de precisión de las citas o para que otras personas puedan buscar referencias al leer su artículo, el título del artículo y el nombre del autor deben ser consistente con la literatura citada.