La ingeniería microbiana, también conocida como ingeniería de fermentación, se refiere a la tecnología que utiliza ciertas funciones específicas de los microorganismos, utiliza tecnología de ingeniería moderna para producir productos útiles para los humanos o aplica directamente microorganismos a los procesos de producción industrial.
El contenido de la ingeniería de fermentación incluye la selección de cepas, la preparación del medio de cultivo, la esterilización, el cultivo e inoculación de expansión de semillas, el proceso de fermentación y la separación y purificación de productos (ingeniería de bioseparación), etc.