1. "Prison Break Season 4" cuenta principalmente la historia de Michael lanzando una serie de acciones de venganza después de escapar de la infernal prisión de Sona.
2. Michael encontró a Gretchen y Wisler en Los Ángeles y se enteró de que Sarah todavía estaba viva. A través del Sr. Bruce Bennett, un buen amigo del padre de Sarah, Michael encontró a Sarah y los dos finalmente se reunieron. En Panamá, Sucre, Barrick y T-bag también escaparon de la prisión de Soná durante un motín. En ese momento, Dan Sherf, quien decía ser un agente de la Agencia de Seguridad Nacional, se acercó a todos y les pidió que cooperaran con él para derribar a cierta empresa. Deben colarse en un lugar misterioso, robar información relacionada con la empresa y luego usar esta información a cambio de libertad.