Antes de que comenzara el juicio, Kelly dijo sarcásticamente: "Es cierto: en las primeras horas del 16 de marzo de 1968, estuve en vigilia con los sargentos y luego planeé matar a los aldeanos de My Lai. Esos tipos "Fui yo quien cargó el cargador. Dios mío, ¿de qué otra manera podrías haberlo planeado? Por supuesto, en Vietnam lo llamamos una redada". Había 62 testigos de la acusación y 44 de la defensa. Ningún testigo de My Lai se dirigió al juez. La fiscalía llamó a un testigo tras otro para que describieran los brutales crímenes de Kelly en My Lai. La defensa argumentó que Kelly era simplemente un chivo expiatorio para los militares y que la responsabilidad de la masacre debería recaer en el capitán Medina.
Varios soldados testificaron a favor de Kelly y dijeron ante el tribunal que fue Medina quien ordenó el asesinato de civiles vietnamitas. La defensa también citó a dos psicoanalistas, quienes testificaron que Kelly carecía de la capacidad mental para premeditar el asesinato de civiles vietnamitas. Ambos médicos testificaron que Kelly estaba bajo una tremenda presión mental en ese momento y, junto con su inteligencia y estructura psicológica limitadas, le era imposible controlar una masacre a tan gran escala. Posteriormente, uno de los médicos fue descalificado como testigo porque el juez que presidía el juicio expresó dudas sobre la veracidad de su testimonio. Kelly también se defendió. Tras ser interrogado directamente, admitió haber disparado contra varios prisioneros civiles vietnamitas en la aldea de My Lai. Sin embargo, insistió en que estaba cumpliendo órdenes del capitán Medina y también negó haber matado a 102 civiles ese día.