El 20 de marzo de 1800, el general Kleiber derrotó a un ejército turco de Siria cerca de Heliópolis. El sucesor de Kléber, el general Manu, perdió varias batallas con los británicos, especialmente después de su derrota cerca de Alejandría en marzo de 1801, y tuvo que firmar un acuerdo de rendición.
En septiembre de 1801, los restos del ejército francés abandonaron Egipto.
La posición del ejército francés en Egipto también se vio debilitada por una serie de operaciones en el Mediterráneo por parte de la flota rusa del Mar Negro bajo el mando del almirante ruso Ushakov.