Durante la Segunda Guerra Civil Inglesa, estuvo en Holanda, en la corte de su hermana María y su marido, el príncipe Guillermo de Orange. No eran futuros monarcas británicos; eran los padres de un futuro Guillermo III.
Después de la ejecución de Carlos I en junio de 1649+0, el Parlamento escocés declaró a Carlos II "Rey de Gran Bretaña, Francia e Irlanda" y prometió que después de que se estableciera la Iglesia Presbiteriana en Inglaterra, Carlos II sería El bollo está coronado. Oliver Cromwell había derrotado decisivamente a los escoceses en la batalla de Dunbar el año anterior, y Carlos decidió atacar Inglaterra, siendo finalmente derrotado en la batalla de Worcester.
Ahora viene la parte divertida; huyó de Inglaterra. Se vio obligado a huir de Worcester y se convirtió en un hombre buscado. Alguien ofreció una recompensa de 1.000 euros por su captura. Carlos II medía 1,88 metros (6 pies y 2 pulgadas) de altura y tenía una apariencia inusual. Confía en sus seguidores católicos, que tienen 90 años de experiencia guardando secretos y ocultando refugiados.
Esta es toda su ruta de escape. Hizo varios planes para escapar a través de Gales, Bristol y Charmouth, escapando finalmente de Salem en Sussex a Francia. Durante este tiempo se escondió debajo de un árbol que dio origen al "Royal Oak", que dio nombre a muchos pubs. También se dice que inventó un cheque en blanco, entregando a quienes lo habían ayudado una hoja de papel en blanco, que prometió devolver cuando se convirtiera en rey.
Después de regresar a Francia, se quedó sin un centavo. Buscó ayuda de España y formó un ejército heterogéneo de exiliados. Su hermano, el duque de York (más tarde Jaime II), lideró estas tropas en la Batalla de las Dunas (una de las batallas más interesantes de la historia inglesa), en la que las fuerzas realistas españolas fueron derrotadas por el ejército francés de Cromwell, acabando con Carlos. 'esperanzas de una invasión exitosa.
Esta intrusión resultó innecesaria. Cromwell murió en 1658. Apenas un año después de la Batalla de Dune, su hijo Richard lo sucedió como Lord Protector. Richard, apodado "Shaky Dick", no tenía ni el deseo ni el talento para el poder, y pronto renunció. En la agitación que siguió, el gobernador de Escocia, George Monk, marchó hacia Londres (en el proceso de creación de la Guardia Coldstream), lo que obligó al Parlamento a readmitir a los miembros del Consejo Largo que habían sido destituidos en 1648. El Reino Unido celebró sus primeras elecciones generales en 20 años. El resultado fue un apoyo aproximadamente igual entre realistas y parlamentarios.
En ese momento, Charlie mostró un grado de ingenio y sensibilidad que resultó sorprendente dada su reputación posterior. Emitió la Declaración de Breda, prometiendo no castigo (excepto regicidio), tolerancia religiosa, libertad de conciencia y cooperación con el parlamento. Esto fue suficiente para influir en el centro, por lo que Carlos fue invitado a convertirse en rey nuevamente.
El 30 de mayo de 1660, día en que Charlie cumplía 30 años, llegó a Londres. Después de una infancia llena de violencia, peligro, emoción y tragedia, el Rey regresa.