El diseño único del Instituto Allen refleja la filosofía de investigación del instituto basada en la ciencia en equipo, la gran ciencia y la ciencia abierta. Para respaldar esta idea, el diseño rompe las barreras típicas en los entornos de investigación y crea instalaciones que fomentan la ciencia y la cultura en equipo para facilitar avances rápidos en la investigación del cerebro. El diseño innovador está organizado alrededor de un atrio central en forma de "pétalos" de espacios funcionales, que conectan visual y espacialmente diversas actividades y maximizan la luz solar y las vistas. La organización naturalmente reúne a grupos, promueve un sentido de comunidad y muestra actividades de investigación y laboratorios transparentes que se pueden ver desde adentro y desde afuera.
El éxito del proyecto reside en el equilibrio entre función y forma, como lo describe Rick Horvitz, director ejecutivo del Instituto Allen para la Ciencia Celular: "Mucha gente te contará la belleza del nuevo edificio. Sin embargo, lo que más me sorprende es lo maravillosa que es la vida en el edificio y lo conveniente que es, con su cálida carpintería, mucha luz, espacios abiertos, laboratorios y áreas de trabajo intermitentes, una ubicación hermosa y científicamente excelente, etc. Apoya nuestro trabajo; , apoya nuestro trabajo diario, facilita la interacción y respalda las actividades científicas, desde experimentos hasta teoría y modelado. En pocas palabras, nunca he visto ni estado en un edificio que coincida con su función (o estética). Se ve gente hablando por todo el edificio. mientras nos reunimos con colegas en la escalera central, hacemos conexiones que nunca esperábamos, y el espacio apoya el trabajo individual y la interacción de una manera que es difícil de describir, además de recibir el Premio al Más Alto Honor el 25 de abril. El 25 de abril de 2017, la Universidad Allen también recibió el Premio a la Mejor Educación/Investigación Superior en la categoría de Periodismo de Ingeniería el 25 de abril de 2017.