Es un tinte fluorescente.
Tiene una gran capacidad para absorber la luz ultravioleta y puede emitir fluorescencia de luz visible. Esta propiedad fluorescente hace que la hematoxilina sea importante en aplicaciones de teñido.
En la investigación biológica y médica, la hematoxilina se utiliza habitualmente para teñir muestras de células y tejidos. Cuando la hematoxilina interactúa con estructuras o moléculas específicas en células o tejidos, se produce una transferencia de energía fluorescente, lo que hace que la hematoxilina emita una señal fluorescente. Al observar estas señales fluorescentes, se puede comprender la estructura, función y actividad metabólica de las células y tejidos.