La Universidad de Pekín fue fundada en 1898 durante la reforma y reestructuración, y originalmente se llamaba Shi Jing University Hall. Es la primera universidad nacional integral de la China moderna y también la agencia administrativa educativa más alta del país al comienzo de su creación. En 1912 pasó a llamarse Universidad Nacional de Pekín. En 1937, se trasladó al sur, a Changsha, y formó la Universidad Nacional Temporal de Changsha con la Universidad Nacional de Tsinghua y la Universidad privada Nankai. En 1938, se trasladó a Kunming y pasó a llamarse Universidad Nacional Asociada del Suroeste.
Desmovilizado y regresado a Pekín en 1946. De 65438 a 0952, después de la adaptación de los colegios y universidades de todo el país, se convirtió en una universidad integral con artes y ciencias liberales básicas, y se mudó de las playas de Beijing y otros lugares a su ubicación actual. En 2000, se fusionó con la Universidad Médica de Beijing original para formar la nueva Universidad de Pekín.
La Universidad de Pekín es el centro del Movimiento Nueva Cultura y el lugar de nacimiento del Movimiento del Cuatro de Mayo. Fue el primero en difundir las ideas del marxismo y la democracia científica en China, y fue una de las bases importantes para el establecimiento del Partido Comunista de China. Durante mucho tiempo, la Universidad de Pekín siempre ha respirado y compartido destino con China y el pueblo chino, y ha avanzado al ritmo de los tiempos y la sociedad. Es la cuna del cultivo y la creación de talentos innovadores de alta calidad. Como dijo el Sr. Cai Yuanpei: "Los grandes académicos, incluidos los grandes talentos, son el principio general de la libertad de pensamiento y la razón por la que las universidades son excelentes".
En 1952, el gobierno siguió el ejemplo de la Unión Soviética. de instituciones de educación superior para ajustar departamentos Tsinghua, Yan Algunos profesores de artes liberales de la Universidad de Pekín se fusionaron en la Universidad de Pekín. La Universidad de Pekín, la Universidad de Tsinghua y la Facultad de Agricultura de la Universidad del Norte de China se fusionaron en la Universidad Agrícola de Beijing; el Politécnico de la Universidad de Pekín se fusionó con la Facultad de Medicina de la Universidad de Pekín, que era independiente del Departamento de Geología de la Universidad de Pekín; Universidad y otras escuelas.
Se estableció el Instituto de Geología de Beijing; el Departamento de Derecho de la Universidad de Beijing se fusionó con el Instituto de Derecho y Ciencias Políticas de Beijing. Después del ajuste de los departamentos, la Universidad de Pekín se trasladó al antiguo campus de la Universidad de Yenching. Académicos de ciencias naturales y humanidades de la Universidad de Pekín, la Universidad de Tsinghua y la Universidad de Yanjing se reunieron en la Universidad de Pekín, sentando una base sólida para las artes liberales de la Universidad de Pekín.
Después del ajuste de departamentos, la Universidad de Pekín reorganizó el Departamento de Derecho en 1954, el Departamento de Biblioteca en 1956 y el Departamento de Ciencias Políticas en 1960.
En 1955, con el fin de establecer el sistema de industria nuclear de China lo antes posible, la Universidad de Pekín estableció la primera base de capacitación de talentos en energía atómica de China: el Laboratorio de Física (el predecesor del Departamento de Física Técnica). Además, la Universidad de Pekín fue la primera en China en formar profesionales en semiconductores e impartió cursos de informática en las etapas iniciales de la investigación informática en China.
Según las estadísticas de 1966, en aquella época había casi 9.000 estudiantes en la Universidad de Pekín. Durante este período, más de 100 graduados formados en la Universidad de Pekín se convirtieron posteriormente en académicos de la Academia China de Ciencias y de la Academia de Ingeniería. La Universidad de Pekín también ha logrado una serie de resultados de investigaciones científicas, como la síntesis de insulina bovina cristalina. Del 65438 al 0955, entre el primer grupo de 223 académicos de la Academia de Ciencias de China, hubo 28 profesores en servicio de la Universidad de Pekín, ocupando el primer lugar entre las universidades del país.
Debido a las frecuentes actividades políticas, el estudio de las humanidades y las ciencias sociales se ha visto interrumpido. La "Nueva Teoría de la Población" del presidente Ma Yinchu se considera el logro de investigación más destacado en humanidades y ciencias sociales de la Universidad de Pekín en esta etapa, pero fue criticada después de su publicación.
Durante el movimiento antiderechista de 1957, más de 700 profesores y estudiantes de la Universidad de Pekín fueron clasificados erróneamente como derechistas. En 1961, el Comité Central del Partido propuso la política de "ajuste, consolidación, enriquecimiento y mejora" y comenzó a corregir varios errores. Ese mismo año se rectificó el trabajo universitario y se mejoró la calidad de la enseñanza en la Universidad de Pekín.