Cuenta la leyenda que Medusa era originalmente una sacerdotisa en el templo de Atenea. Como diosa virgen, Atenea exigía a sus sacerdotes que permanecieran virginales durante toda su vida sin casarse. Medusa realmente sirvió a la diosa y mantuvo su pureza.
Pero Medusa es muy hermosa, especialmente sus ojos. Incluso si no lo dice en serio, sus ojos todavía están llenos de encanto. Poseidón, el dios del mar, codiciaba tanto a Medusa que, tras no poder demostrarle su amor, la violó en el templo de Atenea. Este incidente enfureció a Atenea, pero Poseidón era tan poderoso que Atenea no pudo castigarlo, por lo que dirigió su ira hacia Medusa.
Atenea convirtió a Medusa en una aterradora súcubo, todos los cabellos de su cabeza se convirtieron en serpientes venenosas, y cualquiera que mirara a Medusa a los ojos se convertiría en piedra. Más tarde, la palabra Medusa se convirtió en sinónimo de "mujer extremadamente fea" en Atenas.
Perseo le cortó la cabeza a Medusa. Perseo le presentó la cabeza de Medusa a Atenea, quien a su vez incrustó la cabeza de Medusa en el escudo. Se dice que después de que le cortaron la cabeza a Medusa, dos de sus hijos y Poseidón vomitaron de su sangre: Pegaso y el gigante Crisaor.
Medusa, como la aterradora Gorgona de la leyenda, suele representarse en edificios y decoraciones para restar importancia al miedo de la gente a los monstruos antiguos.