De 1940 a 1941, debido al arresto de la mayoría de los dirigentes importantes del partido, las actividades se suspendieron por un tiempo. Después de que Japón invadió Myanmar en 1942, algunos líderes fueron liberados de prisión, reanudaron las actividades organizativas del partido y lideraron al pueblo en la lucha armada antijaponesa. En agosto de 1944, Aung San unió varios partidos antijaponeses y elementos patrióticos para formar una organización de frente único, la Liga de Libertad del Pueblo Antifascista de Myanmar, con Aung San como presidente y secretario general del Partido Comunista de Myanmar, Dekhin Thandon como secretario general. , y logró la victoria en la lucha armada antijaponesa. En julio de 1945, el Partido Comunista de Myanmar celebró su segundo Congreso Nacional. En marzo de 1946, debido a diferencias de opinión dentro del partido, se dividió. Un grupo de miembros del Comité Central encabezados por De Khin Soe se separó del Partido Comunista Birmano y formó el "Partido Comunista Bandera Roja Birmana". El Partido Comunista de Myanmar reorganizó el nuevo Comité Central y Deqin Dandong fue nombrado Secretario General del Comité Central. Lideró la mayor huelga general después de la guerra. En octubre del mismo año, el Partido Comunista Birmano fue expulsado de la Liga de la Libertad por oponerse a participar en el gobierno provisional encabezado por el gobernador británico.
En marzo de 1948, el gobierno de la Alianza por la Libertad ordenó el arresto de miembros del Partido Comunista en todo el país y provocó una guerra civil anticomunista. El Partido Comunista Birmano se trasladó inmediatamente al campo para llevar a cabo la lucha armada. En ese momento, el Comité Central del Partido Comunista de Myanmar formuló una línea estratégica de "lucha principalmente armada, combinada con otras formas de lucha". De 1948 a 1951, además de llevar a cabo activamente luchas armadas, el Partido Comunista Birmano también lideró la revolución agraria en algunas zonas rurales liberadas y zonas guerrilleras. Bajo el lema "Tierra para el labrador", distribuyeron tierras a los agricultores, estableciendo así. una alianza de trabajadores y campesinos.
El 29 de noviembre de 1955, el Partido Comunista Birmano promulgó un nuevo programa revolucionario democrático nacional, defendiendo "el establecimiento de una revolución democrática compuesta por trabajadores, agricultores, representantes de la pequeña burguesía urbana y de la burguesía nacional, y otros patriotas". El gobierno formado por el Frente Nacional Democrático Unido" se esfuerza por "construir un nuevo Myanmar independiente, democrático, pacífico, unificado y próspero". Después de 1956, el Partido Comunista de Myanmar ha presentado continuamente propuestas para detener la guerra civil y lograr la paz interna mediante negociaciones, pero todas ellas han sido rechazadas por los sucesivos gobiernos o han anunciado unilateralmente la suspensión de las negociaciones. ,
En septiembre de 1964, el Comité Central del Partido Comunista de Myanmar formuló la línea revolucionaria de "ganar la guerra y tomar el poder". Este fue un importante punto de inflexión en la historia del Partido Comunista de Myanmar. A principios de 1968, el Partido Comunista de Myanmar abrió una nueva base revolucionaria en el noreste de Myanmar y estableció un régimen democrático popular de base que dependía de los campesinos y trabajadores pobres y se unía con los campesinos medios. Después del asesinato del presidente Dechen Dantong el 24 de septiembre de 1968, Dechen Sin se desempeñó como presidente del Comité Central del Partido Comunista de Myanmar y Dechen Ba ascendió al puesto de vicepresidente. El 11 de noviembre de 1970, el secretario general del Partido Comunista Bandera Roja, Deqin Soe, y otros líderes fueron capturados por tropas gubernamentales, y la organización del partido y sus fuerzas armadas también colapsaron.
El 15 de marzo de 1975, el presidente Deqinxin y el secretario central Deqinqi murieron heroicamente en combate. En mayo, el Partido Comunista Birmano celebró una reunión ampliada del Comité Central y eligió un nuevo Comité Central con Dechen Baden como presidente y Depu Peddin y Khin Maung Kyi como vicepresidentes, y continuó dirigiendo a todo el partido en la lucha armada. De noviembre de 1978 a septiembre de 1979 (con una pausa de varios meses), se celebró en la zona liberada del noreste de Myanmar la sesión plenaria del Comité Central del Partido Comunista de Myanmar "Decisión Política", "Línea de Construcción del Partido" y. "Línea Militar" y otros documentos. La sesión plenaria resumió la experiencia y las lecciones de los 30 años de lucha armada y entendimiento unificado del Partido Comunista de Myanmar y formuló un nuevo programa y línea estratégica. La reunión sostuvo que Myanmar es un país semifeudal y semicolonial. La revolución actual es una revolución democrática popular dirigida por el proletariado, basada en la alianza de trabajadores y campesinos, y en la que participan otras clases revolucionarias. es oponerse al imperialismo, el feudalismo y el capital burocrático. Hay tres enemigos principales del socialismo, y el núcleo es la revolución agraria. En septiembre de 1980, el Partido Comunista de Myanmar propuso a las autoridades gubernamentales celebrar negociaciones bilaterales para poner fin a la guerra civil y lograr la paz interna. En mayo del año siguiente, después de dos rondas de negociaciones, las negociaciones fracasaron debido al anuncio unilateral del gobierno de interrumpir las negociaciones. En enero de 1982, el Comité Central del Partido Comunista de Myanmar emitió una declaración para continuar su lucha para detener la guerra civil, restaurar la paz interna y hacer realidad la democracia popular y la unidad nacional. El III Congreso Nacional se celebró del 9 de septiembre al 2 de octubre de 1985 y Dechenba fue reelegido presidente del Comité Central.