Josefo escribió "Historia de las guerras judías" e "Historia del judaísmo antiguo".

Como historiador, la primera obra de Josefo, la Historia de las guerras judías en siete volúmenes, se publicó durante los cinco años comprendidos entre el 75 y el 79 d.C. En el libro, Josefo describe en detalle su experiencia personal del levantamiento judío. Pero cada línea está llena de un odio extremo hacia los patriotas judíos y ninguna simpatía por la miserable situación de los judíos bajo el dominio romano. Por el contrario, exagerar ciegamente la fuerza y ​​el poder del ejército romano tenía como objetivo persuadir a los judíos de no ser enemigos de Roma y estar dispuestos a soportar la esclavitud romana. Sus acciones se ganaron la admiración de los gobernantes romanos, quienes le concedieron la ciudadanía romana y una anualidad. Vespasiano y los posteriores emperadores romanos Tito y Domiciano lo consideraron un favorito y lo nombraron historiador del palacio de Domiciano.

En el año 93 d.C., Josefo completó otra obra maestra de 20 volúmenes, "Historia del judaísmo antiguo". Es un libro que registra detalladamente a Jesús de Nazaret. Al describir a Jesús, escribió: "Jesús medía cinco pies de alto, era delgado y imberbe; era emotivo y se agitaba fácilmente. Era muy vívido y específico". Jesús nació en el año 6 a.C. y fue crucificado alrededor del año 30 d.C. Debido a que no queda información contemporánea y Josefo estaba a sólo 30 años de las actividades de Jesús, su libro es de gran valor para estudiar al propio Jesús y la historia del cristianismo.

Los escritos de Josefo son vívidos y vívidos. Por ejemplo, el asedio romano a Chotapata en su obra es espectacular y trágico. Uno a uno, los romanos levantaron sus escudos de hierro sobre sus cabezas, formando un gran "caparazón de tortuga". Los soldados que defendían la ciudad les echaron aceite caliente y asfalto caliente, haciendo que la gente sintiera como si realmente estuvieran allí. Sin embargo, como historiador, los críticos creen que el análisis de la historia que hace Josefo es superficial y a menudo erróneo, y que se sospecha que sus obras exageran y distorsionan los hechos y, por lo tanto, sus obras no son verdaderamente "buena historia".