En agosto, el director de la NASA, James Webber, organizó un equipo de cuatro personas para encontrar una ubicación para el nuevo centro. Inicialmente había 23 localidades candidatas. Después de dos semanas de inspeccionar todos los lugares, el equipo de inspección abandonó nueve lugares.
La ubicación más favorable para el equipo es una base de la Fuerza Aérea en Tampa, Florida, seguida de Houston y un almacén en Baynes, California. Debido a que la Fuerza Aérea canceló los planes de cerrar la base, la NASA decidió que el nuevo centro se construiría en Houston. El 19 de septiembre de 1961 James Webb anunció los resultados. Tres días después, representantes de la NASA estaban en Houston.
La fecha de creación del Centro Espacial Lyndon B. Johnson fue el 24 de octubre de 1961 65438, cuando su nombre era Centro de Vuelos Espaciales Tripulados. Ese día, un equipo de la NASA instaló sus primeras oficinas en dos tiendas de ropa vacías en un centro comercial al oeste de la ciudad. Houston está muy entusiasmada con tener este centro en la ciudad. Las empresas locales convirtieron las casas en oficinas de forma gratuita. Continental incluso prestó a sus asistentes de vuelo a la NASA para que sirvieran como acomodadores.
La Universidad Rice cedió a la NASA un terreno baldío en el que se construyó el Centro Espacial Lyndon B. Johnson. Hasta ahora ha sido un rancho. Este terreno está ubicado al sureste de Houston. Originalmente una ciudad pequeña, se incorporó a Houston en 1977. Además, la NASA compró un terreno de 240 hectáreas con una carretera.
Durante la construcción del nuevo centro, para comenzar la construcción lo antes posible, el Centro Espacial Lyndon B. Johnson tomó prestados más de una docena de edificios de oficinas de empresas locales. Por ejemplo, el estudio de televisión interno de la Universidad de Houston sirve como centro de computación. En la fábrica de bebidas se construyó temporalmente una fábrica de máquinas. La mayor parte de la tripulación trabajaba en cobertizos en un antiguo aeródromo de la fuerza aérea. En la NASA hay mapas especiales que muestran ubicaciones en todas partes.
El 1 de marzo de 1962, Robert Gilruth, director del Centro Espacial Lyndon B. Johnson, se mudó a su oficina y el Centro Espacial Lyndon B. Johnson comenzó a operar. Un año después, se completó la planificación del nuevo centro y en febrero se inauguró el Edificio 1962 11. En el primer año después de la construcción del Centro Espacial Lyndon B. Johnson, la financiación total fue de 60 millones de dólares. Un año después, se completó el nuevo centro y sus 2.100 empleados comenzaron a trabajar en el nuevo centro.
Para conmemorar al expresidente estadounidense Lyndon B. Johnson, el centro pasó a llamarse Centro Espacial Lyndon B. Johnson.