En 2002, Stojanovic comenzó su carrera futbolística profesional en Palazinjedinsvo y luego jugó para muchos equipos de las ligas serbia y bosnia. En la temporada 2007/08, siguió a Jagodina para ganar el campeonato de la Liga Serbia y ascendió a la Superliga de Fútbol de Serbia. En la temporada 2008/09 de la Superliga serbia, jugó 14 veces con el Jagodina, pero no logró marcar. Al final de la temporada se trasladó a Novi Pazar para jugar en la Liga española. Después de una media temporada poco exitosa con el equipo esloveno Zlatmoravce, regresó a Jagodina en el verano de 2011 y siguió al equipo hasta su mejor cuarto puesto en la historia del club. En la temporada 2012/13 marcó 19 goles en la liga, se convirtió en el máximo goleador de la Superliga de Serbia y ayudó al equipo a recuperar el cuarto puesto en la liga y la Copa de Serbia.
El 12 de junio de 2013, el equipo de la Superliga de fútbol china, Wuhan Zall, anunció un contrato de 18 meses con Stojanovic.