Debido a que los virus no tienen fósiles, los científicos saben muy poco sobre los verdaderos virus antiguos y les resulta difícil saber exactamente dónde se originaron. Pero los científicos han propuesto tres teorías para intentar explicar el origen del virus.
La primera teoría se llama "Teoría del Primer Virus". Los científicos que sostienen esta teoría creen que cuando la vida evolucionó, algunos optaron por evolucionar hacia bacterias, hongos y organismos unicelulares, y otros evolucionaron hasta convertirse en virus. Según esta teoría, los virus nacieron por primera vez hace 460 millones de años.
La segunda teoría es la "teoría de la reducción". Esta teoría sostiene que los virus se "degeneran" a partir de organismos unicelulares con funciones parasitarias. Los organismos unicelulares descendieron de organismos de ADN a organismos de ARN. Si los virus nacieron de esta manera, los científicos estiman que nacieron por primera vez hace 370 millones de años.
El tercero es el “desapego de la teoría”. Según la teoría de la disyunción, en la naturaleza sólo existen bacterias, hongos y organismos unicelulares. Por alguna razón, parte de su material genético se separó y sobrevivió, y luego evolucionó gradualmente hasta convertirse en virus. Si los virus surgen así, entonces la fecha de nacimiento de los virus es hace 260 millones de años.