Inicio de la transcripción: Durante el proceso de transcripción, el primer nucleótido de la cadena de ARN corresponde a la base de la cadena de ADN, normalmente una purina.
Por lo general, el promotor se encuentra aguas arriba del punto de inicio de la transcripción, y la relación de posición específica es la siguiente:
Los eucariotas tienen tres tipos de ARN polimerasas, que son responsables de la transcripción de tres promotores diferentes.
La ARN polimerasa I es responsable de la transcripción de los genes del ARNr. El promotor (tipo I) es relativamente simple y consta de dos partes de la secuencia cerca del sitio de inicio de la transcripción. La primera parte es el promotor central, que consta de entre 45 y 20 nucleótidos, que por sí solo es suficiente para iniciar la transcripción. La otra parte consta de la secuencia -170-107, denominada elemento regulador aguas arriba, que puede mejorar eficazmente la eficiencia de la transcripción.
La ARN polimerasa ⅲ es responsable de la transcripción de 5SrRNA, tRNA y algunos pequeños ARN nucleares (snRNA). Su promotor (clase ⅲ) es complejo y se puede dividir en tres subclases. Los promotores de los dos genes 5S
rRNA y tRNA son promotores internos, ubicados aguas abajo del sitio de inicio de la transcripción y compuestos de dos partes. El tercer tipo de promotor consta de tres partes y se encuentra aguas arriba del sitio de inicio de la transcripción.
Los genes de clase II transcritos por la ARN polimerasa II incluyen todos los genes codificadores de proteínas y algunos genes de ARNsn. La estructura promotora de estos últimos es similar a la estructura promotora del tercer gen de clase III. Los promotores de genes de clase II que codifican proteínas tienen secuencias conservadas con la misma estructura. La mayoría de los promotores de clase II tienen una secuencia llamada caja TATA, generalmente ubicada en la región -30, que está relativamente fija con respecto al sitio de inicio de la transcripción. Algunos promotores de clase II no contienen una caja TATA y estos promotores se denominan promotores sin caja TATA.
Los promotores procarióticos constan de dos secuencias de nucleótidos independientes y altamente conservadas -35 región y -10 región. La relación posicional es: región -35, el intervalo entre la región -10 y la región -35, el intervalo y el sitio de inicio de la transcripción.