(1) Procedimientos comunes
(2) Muestras
(3) Diseño del proyecto iTRAQ/TMT
Marcado de isótopos isobáricos in vitro La tecnología cuantitativa puede comparar simultáneamente las diferencias en la expresión de proteínas entre múltiples muestras (generalmente menos de 10 muestras).
Principios básicos:
(4) Diseño del proyecto Labelfree
Labelfree analiza la expresión de proteínas en muestras de diferentes fuentes comparando la intensidad del ion precursor del péptido diferencia de picos del espectro de masas. Esta tecnología no requiere costosas etiquetas isotópicas como estándares internos.
Principios básicos:
(5) Diseño del proyecto DIA
DIA es una tecnología cuantitativa y de adquisición independiente de datos, que divide todo el rango de escaneo de la masa espectro en varias Cada ventana se selecciona, fragmenta y detecta en un ciclo de alta velocidad para todos los iones en cada ventana, de modo que toda la información de fragmentos de todos los iones en la muestra se pueda obtener sin omisión ni diferencia. DIA no necesita especificar el péptido objetivo y el número de puntos de escaneo es uniforme. La confirmación cualitativa y la detección cuantitativa de iones se pueden lograr utilizando la biblioteca espectral y se puede lograr el seguimiento de los datos.
Principios básicos:
(6) Comparación de varias tecnologías cuantitativas
En términos de modos de recopilación de datos, iTRAQ/TMT y Labelfree son escaneos DDA tradicionales. Es decir, en cada ciclo de escaneo, solo se recopilan los fragmentos de iones producto de las 10 a 20 señales de iones originales más abundantes y se pierde la información de iones producto de otras señales, por lo que la tasa de cobertura es baja, la aleatoriedad es alta y la repetibilidad es relativamente baja en el escaneo DIA. En cada ciclo de escaneo, el intervalo de masa se establece en ventanas de múltiples segmentos, y cada vez se recopila toda la información de iones precursores y los fragmentos en la ventana (la velocidad de escaneo es lo suficientemente rápida), por lo que tiene la características de alta cobertura y alta repetibilidad.
(7) Software de búsqueda en bases de datos
(1) Control de calidad de la cromatografía
La investigación en proteómica se puede analizar desde las siguientes perspectivas:
(2) Nivel funcional