Durante medio siglo, han ido surgiendo una tras otra varias versiones sobre la muerte de Kleber.
Algunas personas creen que Kleiber fue asesinado por hombres rana soviéticos.
Algunas personas afirman que el ejército soviético lo dejó inconsciente con una pistola tranquilizante durante su misión. Después de ser llevado a la Unión Soviética para que le lavaran el cerebro, se convirtió en instructor de hombres rana soviéticos. Algunas personas incluso dijeron con cierta seriedad que Kleiber había sido "reclutado" por la KGB soviética hace mucho tiempo y se convirtió en un espía soviético. Esta vez acaba de encontrar una oportunidad para desertar. En la Unión Soviética, ya se había convertido en Operaciones Especiales Subacuáticas. Comandante del mando de la Flota del Mar Negro.
Algunas personas creen que el MI6 aprovechó la oportunidad para concertar que él fuera un agente encubierto e irrumpiera en la Armada soviética. Otra teoría es que "uno de los nuestros" lo mató para silenciarlo. Se dice que Kleiber encontró un mal funcionamiento durante su operación y el MI6 lo mató para evitar la exposición. En 1990, un ex oficial de inteligencia naval soviético confirmó públicamente que Kleiber fue descubierto y asesinado por los soviéticos mientras realizaba una misión.
En marzo de 2006, el "Sunday Mail" británico lanzó una nueva versión del misterio de la desaparición de Kleber: fue asesinado por los servicios de inteligencia británicos. La noticia proviene del ex socio de Kleber, Sidney Norris. Según él, tras jubilarse, Kleiber se deprimió por motivos físicos y económicos y tuvo la idea de desertar a la Unión Soviética. Los servicios de inteligencia fueron informados y decidieron tomar medidas contra él. Le pusieron una trampa y enviaron a un hombre rana más hábil para matar a Kleber después de que entró al agua. A Sidney se le "ordenó" que identificara el cuerpo, pero obviamente no era su cuerpo. Más tarde, cuando Sidney intentó revelar esto a un biógrafo, fue amenazado de muerte.
En octubre del año pasado, los Archivos Nacionales Británicos desclasificaron un lote de documentos, revelando algunos fragmentos de Kleiber antes de su desaparición. Según el hombre que abordó el barco con él, "Kleber llevaba suficiente oxígeno para dos horas. Después de entrar al agua, salió a la superficie porque había un pequeño problema con el respirador. Después de hacer algunos ajustes, volvió a entrar al agua. , y no ha vuelto a aparecer desde entonces”.
El hombre planeaba llamar a la policía, pero su jefe le ordenó regresar inmediatamente. Pero los documentos todavía no resolvieron el misterio de la desaparición de Kleber.
Howard Davis, de los Archivos Nacionales, dijo que el encubrimiento oficial demostraba que había más detalles en el caso de Kleber que no habían salido a la luz. La respuesta a este "mayor misterio de la Guerra Fría" puede que no se revele hasta 50 años después, cuando los documentos sean oficialmente desclasificados.