El predecesor de la Universidad Mozarteum fue el Conservatorio, fundado en 1841. Se convirtió en universidad en 1970 y ofrece interpretación musical, así como teatro, interpretación escénica y pedagogía de dirección. Para cubrir la escasez de estudiantes de medicina en la Universidad de Salzburgo, en 2003 se creó la Universidad de Priva. La universidad lleva el nombre de Pala Celsus, un famoso médico de la Europa medieval que practicó la medicina en Salzburgo y murió aquí. Aunque es una universidad privada, un tercio de la economía de la universidad proviene de financiación estatal. La universidad enseña medicina humana, enfermería y medicina molecular, y los estudiantes realizan prácticas en el Hospital Universitario de Salzburgo y otros hospitales de Baviera. Fachhochschule Salzburg se fundó en 1995 y ofrece cursos prácticos como ingeniería y economía, así como especialidades sociales y de salud. SMBS - Escuela de Negocios de la Universidad de Salzburgo fue fundada en 2001 por cinco inversores, entre ellos la Universidad de Salzburgo, y ofrece un programa de maestría en economía.
Además, Salzburgo cuenta con numerosos colegios, institutos, universidades y bibliotecas.