La longitud del ARNr 16s es superior a 1,5 k. Como estándar para la identificación de especies bacterianas, generalmente se selecciona una similitud de 97. Una similitud de más de 97 generalmente se define como la misma bacteria.
Si se obtiene la longitud completa de 16s mediante secuenciación de Sanger se puede identificar la especie e incluso distinguir subespecies.
Algunas bacterias no solo tienen una secuencia 16s, sino que contienen entre 1 y 15 copias de la secuencia 16s, por lo que la identificación de una única secuencia 16s puede estar sesgada.
Cuando se utiliza secuenciación de alto rendimiento como 454 o miseq, generalmente solo se secuencian más de 300-500 bases debido a la longitud de lectura. Por lo tanto, el método más confiable para la identificación de especies es clasificarlas en una. género. Algunas pueden clasificarse en especies. Según nuestra experiencia, diferentes muestras tendrán entre 10 y 50 bacterias que se pueden clasificar en especies.
Utilizando nuevos métodos de análisis, ahora también podemos utilizar datos de secuenciación de paso alto de la diversidad de la comunidad de ARNr 16s para realizar análisis a nivel de subespecies.
Utiliza principalmente los sitios SNP con los mismos cambios en 16s para escribir. Esto puede mejorar en gran medida la precisión de la clasificación de las cepas bacterianas, especialmente cuando existen grandes diferencias fenotípicas entre algunas cepas.