En primer lugar, desde el punto de vista histórico, la Universidad Nacional Asociada del Suroeste se fundó durante la Guerra Antijaponesa. Originalmente se utilizó para capacitar talentos antijaponeses y nacieron varios talentos destacados en investigación científica. . La historia de la Universidad de Nanjing se originó en 1902. Después de varias reformas y desarrollos importantes, se ha convertido en una de las universidades integrales más grandes con el cuerpo docente más sólido de China e incluso del mundo.
En segundo lugar, en términos de solidez educativa, la Universidad de Nanjing se encuentra entre las mejores en el campo de las ciencias naturales y ocupa una posición de liderazgo en física, química, matemáticas y otros campos. Además, la Universidad de Nanjing tiene buenos puntos fuertes en ciencias sociales y humanidades, especialmente en los campos de la historia y la filosofía. En términos relativos, la Universidad Nacional Asociada del Suroeste se centra principalmente en los campos de la física y las matemáticas. Al igual que la Universidad de Nanjing, tiene un cuerpo docente sólido y una fuerte influencia académica.
Finalmente, en términos de elección de disciplinas y especialidades, la Universidad de Nanjing es más diversa y amplia. La Universidad de Nanjing tiene más de 20 facultades y centros de investigación que cubren artes liberales, ciencias, medicina e ingeniería. La Universidad Nacional Asociada del Suroeste es relativamente pequeña, con sólo cinco facultades y seis centros de investigación.