Theo Ratliff fue seleccionado por los Detroit Pistons con la selección número 18 en la primera ronda del Draft de la NBA de 1995. Jugó para los Pistons durante dos temporadas y media. Fue traspasado a los Philadelphia 76ers durante la temporada 1997-1998. Ratliff jugó tres temporadas en Filadelfia y fue seleccionado para el Juego de Estrellas de la NBA de 2001. Fue elegido pívot titular en la División Este, pero no pudo jugar debido a lesiones. En la temporada 2000-2001, Ratliff jugó un papel clave en el equipo, ayudando al equipo a avanzar a las Finales de la NBA, pero fue transferido a los Atlanta Hawks antes de la fecha límite de cambios. Los 76ers recibieron a Dikembe Tombo.
En la temporada 2001-2002, Ratliff se perdió la mayoría de los partidos debido a lesiones. Pero en la temporada siguiente jugó 81 partidos en nombre de los Eagles y bloqueó 262 tiros. La temporada 2003-2004 fue la mejor temporada de su carrera. Estableció un récord de su carrera con 307 tapones, ocupando el primer lugar en la liga. También en esa temporada, fue traspasado a los Portland Trail Blazers junto con Sharif Abdur-Rahim y Dan Dickau. En esta transacción, los Hawks recibieron a Rasheed Wallace y Sri Persson. Después de la temporada 2004, Ratliff firmó un contrato de tres años con los Trail Blazers. Sin embargo, debido al mal desempeño en la temporada 2004-2005, perdió gradualmente su puesto de titular durante la temporada. Su reemplazo fue Joel Przbilla.
En junio de 2006, los Boston Celtics utilizaron la selección número 7 en el Draft de la NBA de 2006 para adquirir al ala-pívot/centro Reeve LaFrentz y al armador Dan Dickau de los Blazers. Los Chicago Bulls intercambiaron por Theo Ratliff y. Sebastián Telfair.
En julio de 2007, Ratliff fue traspasado junto con Gerald Green, Ryan Gomez, Al Jefferson, Sebastian Telfair y selecciones del draft, fue traspasado por los Celtics a los Minnesota Timberwolves por Kevin Garnett. Ratliff fue despedido por los Timberwolves en febrero de 2008, pero se reincorporó a los Detroit Pistons en marzo.
En la temporada 2008-2009, Ratliff regresó a los Philadelphia 76ers. Fue contratado por los San Antonio Spurs en la temporada baja. En febrero de 2010, Ratliff fue traspasado a los Charlotte Bobcats y los Spurs recibieron una selección de segunda ronda del draft de 2016.
El 22 de julio de 2010, Ratliff firmó un contrato de un año con Los Angeles Lakers.
Theo Ratliff anunció su retirada el 24 de diciembre de 2011, Nochebuena. "Me retiro". Este veterano, que ha estado jugando desde que ingresó a la liga en 1995, finalmente muestra algo de fatiga. "Ya no quiero mudarme y estar lejos de mi familia. Quiero ver crecer a mis hijos y luego intentar hacer algún negocio. Ahora estoy aprendiendo a hacer negocios y lo estoy disfrutando".