Huzhou ha estado habitada por humanos desde el Neolítico (hace unos 5000-5500 años) en la sociedad primitiva tardía.
Huzhou tiene una historia de más de 2.300 años y es una ciudad antigua en el sur del río Yangtze con una larga historia.
En el año 334 a.C., Shen Jun y Huang Xie del estado de Chu se mudaron aquí y construyeron una ciudad llamada "Cuocheng" (llamada así por Ze Duo Chao Cuo).
En 223 a.C., la dinastía Qin cambió "Yucheng" por "Wucheng", llamado así por la elaboración de cerveza de Wu Jin y Ke Lin.
En 266 d.C. (el primer año del reinado de Sun Haobao en los Tres Reinos del Este), Wucheng pasó a llamarse condado de Wuxing.
En el año 602 d.C. (el segundo año de Renshou en la dinastía Sui), fue gobernado por el estado y recibió el nombre de Huzhou. Recibió el nombre del lago Taihu, y el nombre Huzhou comenzó a partir de entonces.
Se estableció un gobierno durante las dinastías Ming y Qing, y siempre se le ha llamado "Prefectura de Huzhou".
En 1912 (el primer año de la República de China), la prefectura de Huzhou fue abolida y los condados de Wucheng y Gui'an se fusionaron en el condado de Wuxing.
El 27 de abril de 1949, Huzhou fue liberada y dividida en la ciudad de Huzhou y el condado de Wuxing. Se dividió varias veces en 1983. Huzhou fue también la ubicación del primer distrito, el distrito de Jiaxing y el centro administrativo de. Distrito de Jiaxing en la provincia de Zhejiang después de la liberación.
En julio de 1983, se removió el terreno para construir una ciudad, se abolió el área de Jiaxing y se establecieron Huzhou y Jiaxing respectivamente, implementando un sistema de condado gobernado por ciudades. Como ciudad provincial a nivel de prefectura, Huzhou gobierna áreas urbanas, suburbios y tres condados: Deqing, Changxing y Anji. En 1988, se abolieron el área urbana y los suburbios, y en 1993 se establecieron el área urbana y los distritos de Nanxun y Linghu.
Desde junio de 5438 hasta octubre de 2003, se abolieron los tres distritos del distrito urbano, el distrito de Nanxun y el distrito de Linghu y se establecieron dos nuevos distritos municipales del distrito de Wuxing y el distrito de Nanxun. La ciudad de Huzhou gobierna actualmente dos distritos y tres condados.