La Oficina de Seguridad Marítima de Shenzhen está afiliada a la Oficina de Seguridad Marítima del Ministerio de Transporte. Es una unidad a nivel de departamento y el director generalmente está asignado al nivel de oficina. La Oficina de Seguridad Marítima de Shenzhen y la Oficina de Seguridad Marítima de Guangzhou están al mismo nivel, y sus departamentos superiores son la Oficina de Seguridad Marítima del Ministerio de Transporte. Sin embargo, sus operaciones normales serán coordinadas y dirigidas por el Gobierno Municipal de Shenzhen. El Centro de Rescate puede estar dirigido por la Oficina de Emergencias del Gobierno Municipal y no está afiliado al Negociado de Transporte.