Según el acuerdo entre el Ministerio de Educación y el Ministerio de Salud en 2007, Peking Union Medical College cambió oficialmente su nombre a "Peking Union Medical College" en vista de la necesidad de una estrecha cooperación con Tsinghua; Universidad en escuelas en funcionamiento, "Peking Union Medical College-"Escuela de Medicina de la Universidad de Tsinghua". Peking Union Medical College coopera con la Universidad de Tsinghua en la gestión de escuelas, pero las dos escuelas no se han fusionado. Peking Union Medical College-Tsinghua University Medical Center es en parte de Peking Union Medical College, y el Centro Médico de la Universidad de Tsinghua es en parte de la Facultad de Medicina de la Universidad de Tsinghua.
La Facultad de Medicina de la Unión de Pekín no es la Facultad de Medicina de la Universidad de Tsinghua. La Facultad de Medicina de la Universidad de Tsinghua eventualmente se convertirá en la Facultad de Medicina de la Universidad de Tsinghua. Para entonces, la Facultad de Medicina de la Unión de Pekín y la Facultad de Medicina de la Universidad de Tsinghua cooperarán como dos entidades para construir conjuntamente la Facultad de Medicina de la Unión de Pekín y la Facultad de Medicina de la Universidad de Tsinghua.
Peking Union Medical College no está afiliado a la Universidad de Tsinghua, pero solo coopera con la Universidad de Tsinghua en carreras clínicas. La especialidad de enfermería, los hospitales afiliados, la base de enseñanza clínica, etc. pertenecen al Peking Union Medical College. La especialidad de farmacia, los hospitales afiliados y las bases de enseñanza clínica de la Facultad de Medicina de la Universidad de Tsinghua pertenecen a la Universidad de Tsinghua.
Los certificados de graduación y certificados de grado de los estudiantes de medicina clínica y los estudiantes de posgrado de Peking Union Medical College están estampados con los sellos oficiales de la "Universidad de Tsinghua" y del "Peking Union Medical College-Departamento de Salud de la Universidad de Tsinghua". Los certificados de graduación y los certificados de grado de los estudiantes principales no clínicos y de los estudiantes de posgrado de Peking Union Medical College están sellados con el sello oficial de Peking Union Medical College. Los certificados de graduación y los certificados de grado de los estudiantes de especialización no clínica y de los estudiantes de posgrado de la Facultad de Medicina de la Universidad de Tsinghua están sellados con el sello oficial de la "Universidad de Tsinghua".