La predecesora de la Universidad de Tsinghua, la Academia Tsinghua, fue fundada en 1911 y pasó a llamarse Academia Tsinghua en 1912. En 1928, pasó a llamarse Universidad Nacional Tsinghua.
Se trasladó al sur, a Changsha
Después de que estalló la Guerra Antijaponesa en 1937, se trasladó al sur, a Changsha, y formó la Universidad Nacional Provisional de Changsha con la Universidad de Pekín y la Universidad de Nankai. En 1938, se trasladó a Kunming y pasó a llamarse Universidad Nacional Asociada del Suroeste.
Regreso al campus de Tsinghua
Regresó al campus de Tsinghua en 1946. Hay 5 facultades y 26 departamentos de artes liberales, derecho, ciencias, ingeniería y agricultura.