La Copa de Europa de 2000 organizada conjuntamente por Holanda y Bélgica fue la primera vez que la selección eslovena avanzó a una fase final internacional desde que se unió a la FIFA y la UEFA en 1992. En este partido, la selección china quedó dividida en el Grupo C con España, Noruega y Yugoslavia. En la fase de grupos, el equipo empató con Yugoslavia por 3-3, España por 1-2 y Noruega por 0-0. Al final, el equipo no logró clasificarse y se despidió del primer partido.
La selección eslovena, que por primera vez participó en una competición internacional, también ganó algo esta vez. Zlatko Zahovic, el agudo delantero del equipo, empató en el tercer puesto de la tabla de goleadores con el portugués Consicao y el delantero francés Thierry Henry con tres goles.
Copa Mundial Corea-Japón 2002
Esta Copa Mundial es también la primera vez que la selección nacional se clasifica para la fase final de la Copa del Mundo después de unirse a la FIFA y la UEFA. El equipo está en el Grupo B con España, Sudáfrica y Paraguay. En la fase de grupos perdió ante España, Sudáfrica y Paraguay por 10 y 13 respectivamente, y se despidió de su primer viaje al Mundial con resultados en el último puesto en tres partidos. El equipo terminó en el puesto 30 entre 32 equipos.
Mundial de Sudáfrica 2010
Este Mundial es la segunda vez en la historia que la selección participa en un Mundial. En la fase de clasificación, Eslovenia, Eslovaquia, República Checa, Irlanda del Norte, Polonia y San Marino quedaron divididas en el tercer grupo. Según las reglas de las eliminatorias europeas, el primer lugar del grupo puede clasificarse directamente, y el segundo lugar del grupo también se clasificará para los play-offs. Después de 10 jornadas de la fase de grupos, Eslovenia ocupó el segundo lugar con 20 puntos y derrotó a la República Checa para clasificarse para los play-offs. En el primer partido de la fase de grupos, Eslovenia empató 1-1 con Polonia fuera de casa, empezando mal. Sin embargo, Eslovenia derrotó a Eslovaquia por 2-1 en casa y a Irlanda del Norte por 2-0 en casa, logrando dos victorias consecutivas. Inmediatamente después, el rival visitante República Checa perdió 0-1. La República Checa volvió a jugar en casa y los dos equipos empataron 0-0. Pero luego Eslovenia hizo todo lo posible, ganando 5-0 en casa, Polonia 3-0, venciendo a Eslovaquia 2-0 fuera y fácilmente derrotó a San Marino 3-0. Eslovenia derrotó a la República Checa con cuatro victorias consecutivas, consiguió el segundo puesto del grupo y se clasificó para los play-offs. El rival de Eslovenia en el repechaje es Rusia. Eslovenia perdió 1-2 en la primera ronda, pero aunque perdió el partido, el equipo anotó valiosos goles a domicilio, lo que hizo que la segunda ronda estuviera llena de suspenso. En la segunda ronda, se enfrentaron a Rusia en casa. Eslovenia derrotó a su oponente por 1-0 y los dos equipos empataron 2-2 en las dos rondas. Sin embargo, Eslovenia se basó en la ventaja del gol de visitante para eliminar con éxito a Rusia y avanzar a la fase final de la Copa Mundial de Sudáfrica 2010. Los dos partidos contra Rusia en los play-offs son sin duda los dos partidos más críticos para que Eslovenia avance a la Copa del Mundo. Rusia ganó el partido de ida por 2-1. Aunque Eslovenia perdió el partido, Peznik anotó un gol en los últimos minutos del partido y anotó un valioso gol a domicilio para el equipo, llenando de suspenso la segunda ronda. El partido de segunda ronda en casa contra Rusia fue aún más emocionante. Los jugadores estaban bajo una presión tremenda y había constantes faltas en la cancha. Incluso dos jugadores rusos fueron expulsados. Con el gol de Dejic, Eslovenia ganó el partido por 1-0 y avanzó. La estrella clave Novakovic es sin duda el mayor contribuyente a la promoción de Eslovenia. Marcó cinco goles en la fase de grupos y fue el máximo goleador del equipo. Gracias a su destacada actuación, Eslovenia se clasificó para los play-offs. Además, la actuación de Pecinik también es destacable. Su gol fuera de casa en la primera ronda del play-off fue de gran valor para el ascenso del equipo. Pero el gol clave de Dejic en la segunda ronda envió a los eslovenos directamente al Mundial, y Dejic también hizo grandes contribuciones al ascenso.
En el Mundial, Eslovenia quedó en el Grupo C junto a Estados Unidos, Inglaterra y Argelia. En la fase de grupos, el equipo ganó 1 a Argelia, empató con Estados Unidos 2-2 y perdió ante Inglaterra 0-1. Al final terminó el Mundial con 4 puntos, sólo 1 punto menos que los dos primeros.
Torneo de Clasificación para la Copa de Europa 2016 en Francia
El grupo de clasificación se divide en el Grupo E con Inglaterra, Suiza, Estonia, Lituania y San Marino. El equipo logró 5 victorias, 1 empate, 4 derrotas, 18 goles y 11 goles encajados y avanzó a los play-offs.
En los play-offs, el equipo acabó 1-3 contra Ucrania en dos rondas y lamentablemente se perdió la Copa de Europa.