"Neon Genesis Evangelion: Q" le cuenta al mundo 14 años después del "casi tercer impacto" descrito en la etapa final del trabajo anterior "Broken", la película se presenta casi en su totalidad desde la perspectiva de Shinji; Ikari.
El director dividió toda la trama en cinco párrafos para describir el rodaje:
1 Operación estadounidense
Al comienzo de la película, Misato Katsuragi dirigió algunos. Ex miembros de NERV La organización anti-NERV "WILLE" llevó a cabo una operación de aniquilación contra el EVA de NERV. La unidad EVA número 2 de WILLE (pasajera: Shikinami Asuka Langley) y la número 8 (pasajera: Makiha Marie Elantrias) están en órbita satelital contra la Unidad 1, que fue sellada por NERV. Llevar a cabo la operación de recaptura "Operación EE. UU.".
El avión No. 2 fue atacado por el sistema de defensa automático "Mk.04A" y logró un gran avance con el apoyo del avión No. 8. Luego fue bloqueada por el "Mk.04B" contenido con la Unidad-00 y enfrentó el peligro de caer a la atmósfera y quemarse. Asuka le pidió ayuda a Makiha. La Unidad-00 despertada temporalmente destruyó el Mk.04B, y la Unidad-. 2 y Unidad-1 El avión regresa a la Tierra juntos. La batalla fue un éxito.
2. AAA Wunder
Shinji se despertó en el acorazado de WILLE "AAA Wunder" y volvió a encontrarse con miembros de WILLE como Misato Katsuragi y Asuka 14 años después. Todos creyeron que Shinji era el culpable del "Casi Tercer Impacto" y lo trataron con frialdad, le advirtieron que no volviera a conducir un EVA, e incluso lo obligaron a usar un collar letal "DSS Choker" para evitar que su disparo lo activara; propias emociones mientras conduce un EVA se despierta y pierde el control. Todos también le dijeron a Shinji que Ayanami Rei no fue rescatada hace 14 años.
Wunder fue atacado por 4 aviones "Nemesis Series", que poseían el "poder de matar dioses", bombardearon y destruyeron al oponente. Luego, EVA Mark.09 perteneciente a NERV vino a atacar a Wunder. Shinji confundió a Mark.09 con la Unidad Cero y escuchó la voz del piloto Rei Ayanami. Luego ignoró la advertencia de Misato Katsuragi y fue a NERV con Mark.09. La Unidad 8 no pudo atacar al Mark.09, pero Misato Katsuragi nunca activó el "DSS Choker".
3. Sede de NERV
La tercera ciudad de Nueva Tokio sobre la superficie hace mucho que desapareció. Shinji, quien regresó al destruido cuartel general de NERV, recibió una orden de Ikari Gendo para luchar. Nagisa Kaoru pilotea la Unidad EVA 13 juntas.
Shinji recuperó gradualmente sus fuerzas tras enterarse de que Rei Ayanami todavía estaba viva y se familiarizó con Kaoru Nagisa en el dúo de piano. Pero Shinji se enteró más tarde de que él había provocado el "casi tercer impacto" hace 14 años, lo que llevó a la extinción de la vida en la Tierra, y que Ayanami Rei era solo un clon de su madre. No rescató a la Ayanami Rei que conoció en ese entonces. , por lo que se sintió desesperado nuevamente.
Después de completar la Unidad 13, Shinji se negó a actuar. Nagisa Kaoru le quitó el collar DSS a Shinji, se lo puso en el cuello y dijo: "Cuando la Unidad 13 sostenga las dos armas de Longinus y Cassius, el mundo se puede reiniciar", convenciendo exitosamente a Shinji a volar la Unidad 13.
4. El punto más profundo de la trinchera vertical central
La Unidad No. 13 llegó al punto más profundo de la trinchera vertical central junto con el Mark.09 pilotado por Rei Ayanami. Vi a Lilith y EVA Mark.06 siendo penetrados por lanzas y despertados al propósito detrás de NERV. En ese momento, la Unidad 2 de Asuka y la Unidad 8 de Makiha estaban atacando. Kaoru no tuvo tiempo de explicar y sólo pudo disuadir a Shinji de sacar el arma. Sin embargo, Shinji, que quería recuperar la aprobación de todos, cortó por la fuerza el control de Kaoru sobre EVA y. Sacó el arma. Tengo dos armas.
Después de eso, el cadáver del segundo apóstol Lilith se desintegró, y el duodécimo apóstol escondido en el cuerpo de Mark.06 volvió a estar activo, y cuando Mark.09 le cortó la cabeza a Mark.06, apareció con la forma de una cinta negra Forma la Unidad de Enredo No. 13. Como resultado, la Unidad 13 despertó, lo que provocó que el 12º Apóstol, cuyo cuerpo estaba cubierto de núcleos, se encogiera y devorara rápidamente. La Unidad 13 luego trascendió su forma sospechosa deificada y voló por los aires.
5. El Cuarto Impacto
Shinji observó en shock cómo el Cuarto Impacto comenzó y destruyó la superficie nuevamente. Misato Katsuragi llevó a Wunder a atacar la Unidad 13 para detener el impacto, sin embargo, Ikari Gendo ordenó una copia de Rei Ayanami para usar al propietario original de Wunder, Mark.09 (el contenedor de Adams), para tomar el control de Wunder. Asuka transformó a la Unidad 2 en una bestia a través del "Nombre en clave 777" para luchar contra Mark.09, y le arrancó la cabeza a Mark.09;
Los pilotos de ambos lados dispararon a la fuerza los pernos de inserción, y la Unidad 2 finalmente La autodestrucción aniquiló a Mark.09. En la Unidad 13, Kaoru consoló a Shinji, quien se culpaba a sí mismo, y perforó el núcleo de la Unidad 13 con dos pistolas antes de que el collar DSS explotara, pero el impacto continuó hasta que Shinji sacó por la fuerza el tapón de inserción de Shinji.
Makiha y la Unidad 8 se fueron con "AAA Wunder". Asuka, la Unidad 2 que escapó, encontró el perno de inserción de Shinji entre los escombros del suelo y descubrió que había perdido su espíritu de lucha nuevamente, por lo que tuvo que arrastrarlo fuera de la cabaña. En ese momento apareció el clon Rei Ayanami que escapó de Mark.09, por lo que los tres se alejaron juntos para esperar el rescate. La trama de "Neon Genesis Evangelion: Q" terminó.